 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2791 | 回復(fù): 3 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
WJ-MS新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
VMD可視化鍵
|
|
|
我的體系是一堆原子，計(jì)算的時(shí)候是沒有鍵的，但是我想看看體系配位情況，就另外添加了鍵（自定義的，假設(shè)AB原子之間的距離小于一個(gè)值，就存在一個(gè)鍵），現(xiàn)在關(guān)于原子和鍵的描述寫在了一個(gè)文件里面，但是這個(gè)VMD打不開，后來摸索了一下，加了幾句頭文件， ITEM: TIMESTEP 2000 ITEM: NUMBER OF ATOMS 90 ITEM: NUMBER OF BONDS 130 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp 0 24.21 0 24.21 0 24.21 可以顯示出原子，但是我定義的鍵還是不能顯示出來，哪位高人能不能指點(diǎn)一下，怎么做才能把這些鍵也自定義出來？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085600，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
調(diào)劑求院校招收
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
266分，求材料冶金能源化工等調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
085600 286分 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程，267求調(diào)劑
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Multiwfn結(jié)合VMD繪制AIM拓?fù)浞治鰣D
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 使用Multiwfn結(jié)合VMD分析和繪制分子表面靜電勢分布
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 請(qǐng)問一步有500百萬個(gè)原子的lammps構(gòu)型文件用什么軟件可以可視化顯示？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- lammps文件可視化問題
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 哪種軟件可以如何實(shí)現(xiàn)體系中某些分子動(dòng)？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- VMD怎么顯示模擬盒子的邊界？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心鍵級(jí)研究多中心鍵
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 關(guān)于VMD可視化的問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 使用Multiwfn繪制NBO及相關(guān)軌道
已經(jīng)有30人回復(fù)
- 用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD觀看龍蝦、盆景、骨盆、大腦
已經(jīng)有16人回復(fù)
- lammps可視化？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【500金幣本版活動(dòng)】“經(jīng)驗(yàn)力場分子模擬+第一性原理計(jì)算問題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- 【求助成功】XDATCAR怎么看？
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】VMD顯示振動(dòng)光譜
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】只是優(yōu)化后文件，沒有restart文件，能繼續(xù)跑嗎
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)問orca的可視化軟件有什么？
已經(jīng)有7人回復(fù)
egogg
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 4875.2
- 散金: 20
- 帖子: 61
- 在線: 1171.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 595607
- 注冊: 2008-09-08
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
4樓2014-03-12 22:56:40
egogg
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 4875.2
- 散金: 20
- 帖子: 61
- 在線: 1171.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 595607
- 注冊: 2008-09-08
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-12 19:26:37
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-12 19:26:37
|
用VMD打開原始文件，做以下操作： （1）按照原子方式顯示，無鍵。 （2）Graphics -> Representations -> Create Representation 將新建Rep的Drawing Method改為Dynamic Bonds，然后設(shè)置你需要的鍵長域值。 顯示效果請(qǐng)?jiān)趨?shù)表里面自行摸索。 附：如果只想在指定類型的原子之間添加鍵長�？梢詫⒃揜ep的Selections改為 type H O C N ....。 |
2樓2014-03-12 16:29:36
WJ-MS
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1559.2
- 散金: 100
- 帖子: 194
- 在線: 92.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1697144
- 注冊: 2012-03-17
- 性別: MM
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
3樓2014-03-12 18:45:54
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求調(diào)劑 +4 | 芋泥小鈴鐺 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料277求調(diào)劑 +7 | min3 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 277跪求調(diào)劑 +5 | 1915668 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[材料工程] 一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑 +8 | 曼111 2026-03-24 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，各位老師看看我�。�！ +5 | 祁祺祺 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑 +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +5 | 哇盧卡庫 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 求求了收下我吧?/a> 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑 +7 | 青檸檬1 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +4 | 柳溪邊 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料考研求調(diào)劑 +3 | Dendel 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑一志愿上海交通大學(xué)336分-本科上海211 +4 | 小魚愛有機(jī) 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0854AI CV方向招收調(diào)劑 +4 | 章小魚567 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +5 | plum李子 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 化工專碩求調(diào)劑 +3 | question挽風(fēng) 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿武漢理工大學(xué)材料工程（085601） +5 | WW.' 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 請(qǐng)教下大家 2026年國家基金申請(qǐng)是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑 +8 | 皮皮皮123456 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿國科過程所081700，274求調(diào)劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|