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NIFENGGAOHUI金蟲 (初入文壇)
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[求助]
NAMD生成psf 求助 已有1人參與
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請(qǐng)幫小弟指點(diǎn)迷津： 我現(xiàn)在在用NAMD模擬分子，分子是蛋白質(zhì)，在網(wǎng)上能找到pdb 文件，下一步是 要生成psf文件才能溶解的水里。 在生成psf文件時(shí)，用的 topology 文件是top_all27_prot_lipid.inp 然后在我執(zhí)行到segment U 的這一命令時(shí)，回饋如下， segment U {pdb chlp.pdb} psfgen) building segment U psfgen) reading residues from pdb file chlp.pdb psfgen) extracted 36 residues from pdb file psfgen) Info: generating structure...psfgen) Info: skipping improper N-C-CA-HN at beginning of segment. psfgen) Info: skipping conformation C-N-CA-C at beginning of segment. psfgen) Info: skipping conformation C-CA-N-HN at beginning of segment. psfgen) Info: skipping bond C-N at end of segment. psfgen) Info: skipping improper C-CA-N-O at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation CA-C-N-CA at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-O at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-N at end of segment. segment complete. 請(qǐng)問這可以忽略嗎？ 在繼續(xù)執(zhí)行命令 coordpdb chlp.pdb U psfgen) reading coordinates from pdb file chlp.pdb for segment U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H1 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H2 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HG3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H CYS:2 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3 CYS:2 U ---------- ----- 最后生成的psf 文件感覺怪怪的，不知到怎么修改這個(gè)，求助高手指點(diǎn)，先謝謝各位的幫組。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-26 20:34:03
NIFENGGAOHUI: 金幣+5, ★有幫助 2014-03-31 07:05:35
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NIFENGGAOHUI: 金幣+5, ★有幫助 2014-03-31 07:05:35
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1、蛋白質(zhì)的PDB文件，建議你直接去PDB庫(kù)里下載，那里的標(biāo)準(zhǔn)一些 2、你的問題是什么？“最后生成的psf 文件感覺怪怪的”，你打算論壇里出個(gè)大仙兒隔空觀物給你找出問題在哪里？ 3、出差的提示都是關(guān)于氫原子的，也許你應(yīng)該從這里入手查找原因 |
2樓2014-03-26 19:23:38
NIFENGGAOHUI
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 專業(yè): 有機(jī)高分子功能材料
3樓2014-03-31 07:12:01
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