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NIFENGGAOHUI金蟲 (初入文壇)
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[求助]
NAMD生成psf 求助 已有1人參與
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請幫小弟指點迷津： 我現在在用NAMD模擬分子，分子是蛋白質，在網上能找到pdb 文件，下一步是 要生成psf文件才能溶解的水里。 在生成psf文件時，用的 topology 文件是top_all27_prot_lipid.inp 然后在我執(zhí)行到segment U 的這一命令時，回饋如下， segment U {pdb chlp.pdb} psfgen) building segment U psfgen) reading residues from pdb file chlp.pdb psfgen) extracted 36 residues from pdb file psfgen) Info: generating structure...psfgen) Info: skipping improper N-C-CA-HN at beginning of segment. psfgen) Info: skipping conformation C-N-CA-C at beginning of segment. psfgen) Info: skipping conformation C-CA-N-HN at beginning of segment. psfgen) Info: skipping bond C-N at end of segment. psfgen) Info: skipping improper C-CA-N-O at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation CA-C-N-CA at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-O at end of segment. psfgen) Info: skipping conformation N-CA-C-N at end of segment. segment complete. 請問這可以忽略嗎？ 在繼續(xù)執(zhí)行命令 coordpdb chlp.pdb U psfgen) reading coordinates from pdb file chlp.pdb for segment U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H1 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H2 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HG3 MET:1 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom H CYS:2 U psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom HB3 CYS:2 U ---------- ----- 最后生成的psf 文件感覺怪怪的，不知到怎么修改這個，求助高手指點，先謝謝各位的幫組。 |
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2樓2014-03-26 19:23:38
NIFENGGAOHUI
金蟲 (初入文壇)
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3樓2014-03-31 07:12:01
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