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[求助]
載體構建,測序結果顯示目的基因全突變,克隆入T載體,菌液PCR全是假陽性 已有5人參與
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| 各位前輩好,本人研一,進入實驗室將近一年,最近構建真核表達載體5個,從細胞內(nèi)trizol法提取總RNA,反轉錄產(chǎn)物作為模板,用5隊特異性引物均能擴出目的片段,膠回收,回收產(chǎn)物瓊脂糖電泳檢測,雙酶切,連接20小時,轉化,挑菌各12個,于1.5ml EP管內(nèi)加入500ul LB,搖混,行菌液PCR,電泳結果均為引物二聚體,反復做了多次,都是這樣,第四次的時候出了幾個陽性的,測序又顯示全突變,,目的基因大小700多bp,PCR用的是艾德萊的 MIX,最后用LA酶擴,測序仍然有突變,關鍵是,模板是細胞內(nèi)提取的RNA反轉錄得到的,怎么會有突變?求指點,謝謝 |
分子生化實驗經(jīng)驗積累 |
鐵桿木蟲 (正式寫手)
銀蟲 (小有名氣)

木蟲 (著名寫手)
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全突變是什么意思?是根本不是你想要的基因,還是突變率很高? 如果不是你要想要的基因, cDNA的PCR產(chǎn)物后直接送去測序,如果是你想要的基因,繼續(xù)往下做。如果不是你想要的基因,請分析PCR產(chǎn)物序列,找出錯配的原因,重新設計引物,避開錯配。還有就是你選對了細胞系了嗎?cDNA是有組織特異性的。建議你用Expression Atlas(http://www.ebi.ac.uk/gxa/home)去分析下你的基因在哪些細胞系里面表達相對高,具體方法自己去看xpression Atlas官方的幫助文檔,不難。 如果是突變率很高, PCR實驗過程中產(chǎn)生的突變率是相當?shù)偷,樓上說了,可以換高保真酶,如果換酶注意這個酶能否產(chǎn)生A末端,KOD酶不能產(chǎn)生A末端,不能直接連T載體的。 還有基因有很多variant(變異體),還有可能有不同的transcript(轉錄本)。它們之間去比較的話,很顯然你會得出突變很多的結論。 檢測是否連接正確,我有一個簡單的方法,比菌落PCR、提取質粒后酶切快捷,經(jīng)濟: 1、挑菌后,搖4h-6h 2、80ul菌液+20ul苯酚(可以自己配置細菌裂解液,我比較懶,直接用苯酚了)+20ul 6x loading buffer 3、震蕩后離心,取20ul上清電泳,同時點空質粒做對照。 如果有插入片段的話,會有比空質粒慢一點點的條帶。插入片段在500以上,基本上能分清。 |
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