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[求助]
gromacs模擬小分子
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最近剛接觸計(jì)算機(jī)模擬，用gromacs做一些簡單的水分子模擬，在用SPC模型模擬時總會報(bào)錯或者能量最小化不了，在模擬非剛性模型時就不會出現(xiàn)這個情況，所以想請教各位前輩，就是gromacs能模擬剛性模型的水分子嗎？如果可以的話力場參數(shù)中要不要寫上鍵伸縮常數(shù)和鍵角彎曲常數(shù)，因?yàn)槲以囘^不寫的話運(yùn)行不了。但是寫上的話我又覺得這變成了非剛性模型，希望大家給我答答疑，不吝賜教 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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2樓2014-05-04 08:53:27
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