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yuehedou木蟲 (小有名氣)
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[求助]
求教將miRNA測序數(shù)據(jù)比對到miRBase時數(shù)據(jù)庫的選擇
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請問將二代測序得到的序列比對到miRBase鑒定已知miRNA時，應(yīng)選擇miRBase中的mature序列還是hairpin序列�。� 看到miRBase中同時有hairpin.fa和mature.fa兩個數(shù)據(jù)文件，迷惑了，求解答？ |
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 miRNA測序數(shù)據(jù)分析 |
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yuehedou
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5樓2014-05-04 23:09:45
myibm369
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2樓2014-05-04 15:23:15
yuehedou
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3樓2014-05-04 16:24:09
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【答案】應(yīng)助回帖
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如果直接用的小RNA測序結(jié)果，都是20-30nt左右的序列，那就應(yīng)該以mature miRNA作為數(shù)據(jù)庫進(jìn)行同源檢索。 如果你已經(jīng)把測序結(jié)果map到基因組上預(yù)測了miRNA基因，那就應(yīng)該去比hairpin序列。 |
4樓2014-05-04 20:37:42
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