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yuehedou木蟲 (小有名氣)
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[求助]
求教將miRNA測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到miRBase時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)的選擇
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請(qǐng)問(wèn)將二代測(cè)序得到的序列比對(duì)到miRBase鑒定已知miRNA時(shí)，應(yīng)選擇miRBase中的mature序列還是hairpin序列啊？ 看到miRBase中同時(shí)有hairpin.fa和mature.fa兩個(gè)數(shù)據(jù)文件，迷惑了，求解答？ |
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 miRNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析 |
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myibm369
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如果直接用的小RNA測(cè)序結(jié)果，都是20-30nt左右的序列，那就應(yīng)該以mature miRNA作為數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行同源檢索。 如果你已經(jīng)把測(cè)序結(jié)果map到基因組上預(yù)測(cè)了miRNA基因，那就應(yīng)該去比hairpin序列。 |
4樓2014-05-04 20:37:42
yuehedou
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你可以任意找一個(gè)miRNA看下它的詳細(xì)內(nèi)容，如圖。hairpin序列是Stem-loop結(jié)構(gòu)的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 測(cè)序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature起始位置一樣的，實(shí)際上也是這樣的。所以建議你比對(duì)的時(shí)候和hairpin比對(duì)，這樣你能拿到你真實(shí)的mature miRNA。 |
6樓2014-05-05 09:46:06
yuehedou
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