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yuehedou木蟲 (小有名氣)
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[求助]
求教將miRNA測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到miRBase時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)的選擇
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請(qǐng)問(wèn)將二代測(cè)序得到的序列比對(duì)到miRBase鑒定已知miRNA時(shí)，應(yīng)選擇miRBase中的mature序列還是hairpin序列�。� 看到miRBase中同時(shí)有hairpin.fa和mature.fa兩個(gè)數(shù)據(jù)文件，迷惑了，求解答？ |
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myibm369
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，不會(huì)的，都有的，hairpin其實(shí)是mature miRNA的pre-miRNA,經(jīng)過(guò)加工就變成了mature miRNA。給你看下miRNA的biogenesis。
8樓2014-05-05 12:10:28
myibm369
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2樓2014-05-04 15:23:15
yuehedou
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3樓2014-05-04 16:24:09
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如果直接用的小RNA測(cè)序結(jié)果，都是20-30nt左右的序列，那就應(yīng)該以mature miRNA作為數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行同源檢索。 如果你已經(jīng)把測(cè)序結(jié)果map到基因組上預(yù)測(cè)了miRNA基因，那就應(yīng)該去比hairpin序列。 |
4樓2014-05-04 20:37:42
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