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金蟲 (正式寫手)

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[求助] SYBYL Surflex-dock問(wèn)題

對(duì)pdb數(shù)據(jù)庫(kù)中的某些晶體，把小分子配體抽提回來(lái)再用Surflex-dock做對(duì)接的時(shí)候可能會(huì)對(duì)接不回去
源資的技術(shù)給出的結(jié)論是因?yàn)榫w數(shù)據(jù)本身可能就存在不合理結(jié)構(gòu)（比如某些原子間距離過(guò)近）
解決方案是Surflex-dock detail里懸賞Protein Flexibility

但是，問(wèn)題在下面——
如果我就是想得到晶體結(jié)構(gòu)原樣的對(duì)接打分，勾了Rigid Molecule Search之后，小分子構(gòu)象是和初始從晶體結(jié)構(gòu)里抽提出來(lái)的一樣了，但是位置上偏差還是比較大
Protein flexibility也試過(guò)了，都不行

有么有什么別的快速簡(jiǎn)單辦法可以讓小分子保持原有構(gòu)型和坐標(biāo)，打個(gè)分或者算個(gè)結(jié)合能？
補(bǔ)數(shù)據(jù)，比較急><
謝謝大家~

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1樓 2014-05-16 22:04:39

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