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416158716金蟲 (小有名氣)
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[求助]
單模板同源模建時如何選擇二聚體蛋白結(jié)構(gòu)的問題
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求指導(dǎo)，現(xiàn)在需要進行單模板的同源模建，已經(jīng)找到了目標蛋白的序列1280aa，同時也從文獻上找到參考模板，但現(xiàn)在是參考模板是一個二聚體結(jié)構(gòu)，包含A鏈和B鏈，各條鏈和目標蛋白的序列相似性達87%，現(xiàn)在有一個問題是到底如何選擇這個參考模板的哪個部分結(jié)構(gòu)，A鏈或B鏈？有什么準則嗎？ 參考外文選擇A鏈，但是以A鏈的SWISS-model 或easymodeller，或DS同源模建后，發(fā)現(xiàn)構(gòu)象有部分變形了，而以B鏈則模建構(gòu)象與原構(gòu)象相差不大。難道這個和原先骨架的構(gòu)象有關(guān)？做了A鏈和B鏈的序列對比，相似度達99.3%，這個應(yīng)該說兩者的序列和構(gòu)型都很接近，我就是不明白為什么同源模建后的構(gòu)象變形了。 望懂的給我的指導(dǎo)，謝謝。 |
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