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amber12做分子動力學antechamber求助��！ 已有1人參與
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各位大神求助�。∥以谟胊mber12的準備小分子的參數文件時，antechamber后一直出現(xiàn)這個warning： Warning: the assigned bond types may be wrong, please : (1) double check the structure (the connectivity) and/or (2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or (3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time 下面附上小分子的pdb文件，我這個分子是帶電的，官網上的分子是不帶電的不會出現(xiàn)這樣的問題。想請教各位大神這個帶點分子的原子類型能否被amber12識別？或者小分子的pdb文件是否要進一步優(yōu)化之后再進行antechamber？ 有做過類似體系的求解救啊  |
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2樓2014-06-28 20:40:00
3樓2018-05-18 11:18:31
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