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416158716金蟲 (小有名氣)
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[求助]
用什么方法可以直接將RCSB PDB轉(zhuǎn)換為charmm要求的PDB格式 已有1人參與
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本人同源建模后得到一個(gè)結(jié)構(gòu)，想提交到charmm（www.charmming.org）進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)優(yōu)化，現(xiàn)在碰到一個(gè)問題是這個(gè)網(wǎng)站需要將PDB格式轉(zhuǎn)化為charmm的PDB格式，雖然提供了轉(zhuǎn)換的文件，但是由于該方法是基于charmm的軟件下進(jìn)行轉(zhuǎn)換，本人新手，請(qǐng)問有沒有什么快捷的方法或網(wǎng)站可以提供進(jìn)行轉(zhuǎn)換？ 本人也嘗試過charmm-gui的轉(zhuǎn)換，但是該網(wǎng)站要求PDB文件先提供的是charmm foice field的力場，這個(gè)也不懂，請(qǐng)問有沒有懂的大神說說要怎么轉(zhuǎn)換，不勝感激。 |
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charmm-gui上選RCSB格式就成， 你也可以用我們的軟件 BeeMD.org 做結(jié)構(gòu)優(yōu)化， 用的CHARMM的力場，能輸出CHARMM的PDB, 比CHARMM快些，也好上手，有問題也可到我們?nèi)豪�，我們開發(fā)團(tuán)隊(duì)可給于無償幫助， http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 BeeMD開發(fā)團(tuán)隊(duì) |
2樓2014-06-27 18:53:12
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