 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1189 | 回復: 1 | |||
416158716金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
用什么方法可以直接將RCSB PDB轉(zhuǎn)換為charmm要求的PDB格式 已有1人參與
|
|
本人同源建模后得到一個結構，想提交到charmm（www.charmming.org）進行分子動力學優(yōu)化，現(xiàn)在碰到一個問題是這個網(wǎng)站需要將PDB格式轉(zhuǎn)化為charmm的PDB格式，雖然提供了轉(zhuǎn)換的文件，但是由于該方法是基于charmm的軟件下進行轉(zhuǎn)換，本人新手，請問有沒有什么快捷的方法或網(wǎng)站可以提供進行轉(zhuǎn)換？ 本人也嘗試過charmm-gui的轉(zhuǎn)換，但是該網(wǎng)站要求PDB文件先提供的是charmm foice field的力場，這個也不懂，請問有沒有懂的大神說說要怎么轉(zhuǎn)換，不勝感激。 |
回復此樓» 猜你喜歡
0703化學調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復
-
0703化學 305求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
0703化學調(diào)劑，求各位老師收留
已經(jīng)有10人回復
-
271材料工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有16人回復
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
一志愿天大材料與化工（085600）總分338
已經(jīng)有4人回復
-
085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
求材料調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求幫我將小分子的pdb文件轉(zhuǎn)換成lib/frcmod格式
已經(jīng)有5人回復
- 我有sdf和mol2文件，請問在什么網(wǎng)站里可以生成PDB格式文件
已經(jīng)有6人回復
- 小分子pdb格式用prodrg轉(zhuǎn)化為top和gro格式求助
已經(jīng)有4人回復
- 如何將小分子Jmol格式轉(zhuǎn)化為pdb格式
已經(jīng)有4人回復
- 求PDB數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址
已經(jīng)有5人回復
- 請問如何獲取小分子的pdb文件
已經(jīng)有13人回復
- 如何用open babel軟件把PDB格式的文件轉(zhuǎn)換成mol2格式？
已經(jīng)有8人回復
- 如何將pdb文件批量轉(zhuǎn)換為mol2格式文件？
已經(jīng)有10人回復
- 誰能幫我從PDB庫里下一個CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白質(zhì)的PDB結構��？
已經(jīng)有9人回復
- 【視頻】【教程】PDB數(shù)據(jù)庫的使用——視頻教程
已經(jīng)有254人回復
- 通過蛋白質(zhì)骨架還原全原子坐標
已經(jīng)有6人回復
- 有關PDB數(shù)據(jù)庫的使用問題
已經(jīng)有11人回復
- 如何查找已知蛋白質(zhì)、酶的結構、空間尺寸大�。�
已經(jīng)有4人回復
- 【求助/交流】為什么RCSB里面查詢一個蛋白的結構會有很多有個呢？
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】autodock中PDB轉(zhuǎn)pdbqt格式問題？
已經(jīng)有9人回復
- 【求助】Autodock的配體處理求助？
已經(jīng)有3人回復
- 生物信息學專題－生物版，醫(yī)學版和信息科學版共同創(chuàng)建
已經(jīng)有87人回復
【答案】應助回帖
★
感謝參與，應助指數(shù) +1
416158716(月只藍代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-08 15:47:57
感謝參與，應助指數(shù) +1
416158716(月只藍代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-08 15:47:57
|
charmm-gui上選RCSB格式就成， 你也可以用我們的軟件 BeeMD.org 做結構優(yōu)化， 用的CHARMM的力場，能輸出CHARMM的PDB, 比CHARMM快些，也好上手，有問題也可到我們?nèi)豪铮覀冮_發(fā)團隊可給于無償幫助， http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7512802&fpage=1 BeeMD開發(fā)團隊 |
2樓2014-06-27 18:53:12
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 416158716 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學調(diào)劑 +8 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 12/600 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學材料學碩321求調(diào)劑 +4 | Ymlll 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +4 | Tyoumou 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學工程與技術319求調(diào)劑 +7 | Liwangman 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +11 | 冬十三 2026-03-15 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +6 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +4 | A_JiXing 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 26考研求調(diào)劑 +6 | 丶宏Sir 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學材料專碩339分求調(diào)劑 +3 | 木子momo青爭 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +5 | 時間點 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 機械專碩325，尋找調(diào)劑院校 +3 | y9999 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請]
今年的國基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 芬達46 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩350 求調(diào)劑 +4 | 王金科 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | ADT 2026-03-13 | 3/150 |
|