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qchj2004金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
構(gòu)象搜索與能量?jī)?yōu)化有什么區(qū)別
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| 我看計(jì)算方面的文獻(xiàn)，總是對(duì)分子先進(jìn)行構(gòu)象搜索，再進(jìn)行能量?jī)?yōu)化，不懂之處：構(gòu)象搜索是計(jì)算各種構(gòu)象的能量，選取最小值，能量?jī)?yōu)化也是選取最小值，他們二者到底有什么區(qū)別了，為什么不能一次進(jìn)行完畢，非得按兩次完成？ |
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
qchj2004(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-22 13:46:13
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2樓2014-07-22 13:30:38
qchj2004
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3樓2014-07-22 17:09:12
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4樓2014-07-22 17:16:18
ChemiAndy
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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qchj2004: 金幣+5, 講的很清楚，謝謝 2014-07-23 17:22:40
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月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 16:46:10
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舉個(gè)例子你就明白了，六元烷烴環(huán)有船式和椅式兩種構(gòu)型，你去做能量?jī)?yōu)化的話(huà)，最終得到船式還是椅式，取決于你輸入進(jìn)去的初始構(gòu)型更靠近哪個(gè)。所以能量?jī)?yōu)化只能給出你一個(gè)優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)，至于是不是還存在其它構(gòu)象，它回答不了。而構(gòu)象搜索可以幫你發(fā)現(xiàn)不同的構(gòu)型，比如，一搜，發(fā)現(xiàn)了有船式和椅式兩種。那么，這兩種構(gòu)象的能量差多少，哪個(gè)更低呢？這時(shí)候需要對(duì)這種兩種構(gòu)型分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，計(jì)算出其勢(shì)能，然后才能 進(jìn)行比較。 至于這個(gè)過(guò)程為什么不能一次進(jìn)行完畢，是因?yàn)槟悴涣私鈽?gòu)想搜索的方法。構(gòu)象搜索一般使用分子動(dòng)力學(xué)或者蒙特卡洛等方法進(jìn)行隨即搜索，所搜到的構(gòu)象并不處在能量最低的構(gòu)型上，必須提取出來(lái)，再做一個(gè)能量?jī)?yōu)化。 |
5樓2014-07-23 04:52:21
xzh410512206
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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您說(shuō)的我受益匪淺。。。那構(gòu)象搜索和柔性?huà)呙鑴?shì)能面有什么區(qū)別呢？？我是這樣做的：先對(duì)初始分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，得到一個(gè)穩(wěn)定構(gòu)象；然后在此基礎(chǔ)進(jìn)行柔性勢(shì)能面scan，在勢(shì)能曲線(xiàn)上找到 能量最小值。但我的問(wèn)題是，初始優(yōu)化得到的構(gòu)象 一定是所有構(gòu)象中最穩(wěn)定的嗎？？？ 求解。。。感謝。。。。 |
6樓2015-06-06 09:15:03
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