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qchj2004金蟲 (正式寫手)
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[交流]
構(gòu)象搜索與能量優(yōu)化有什么區(qū)別
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| 我看計算方面的文獻(xiàn)，總是對分子先進(jìn)行構(gòu)象搜索，再進(jìn)行能量優(yōu)化，不懂之處：構(gòu)象搜索是計算各種構(gòu)象的能量，選取最小值，能量優(yōu)化也是選取最小值，他們二者到底有什么區(qū)別了，為什么不能一次進(jìn)行完畢，非得按兩次完成？ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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4樓2014-07-22 17:16:18
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
qchj2004(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-22 13:46:13
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
qchj2004(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-22 13:46:13
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2樓2014-07-22 13:30:38
qchj2004
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3樓2014-07-22 17:09:12
ChemiAndy
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
qchj2004: 金幣+5, 講的很清楚，謝謝 2014-07-23 17:22:40
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 16:46:10
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
qchj2004: 金幣+5, 講的很清楚，謝謝 2014-07-23 17:22:40
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 16:46:10
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舉個例子你就明白了，六元烷烴環(huán)有船式和椅式兩種構(gòu)型，你去做能量優(yōu)化的話，最終得到船式還是椅式，取決于你輸入進(jìn)去的初始構(gòu)型更靠近哪個。所以能量優(yōu)化只能給出你一個優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)，至于是不是還存在其它構(gòu)象，它回答不了。而構(gòu)象搜索可以幫你發(fā)現(xiàn)不同的構(gòu)型，比如，一搜，發(fā)現(xiàn)了有船式和椅式兩種。那么，這兩種構(gòu)象的能量差多少，哪個更低呢？這時候需要對這種兩種構(gòu)型分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，計算出其勢能，然后才能 進(jìn)行比較。 至于這個過程為什么不能一次進(jìn)行完畢，是因為你不了解構(gòu)想搜索的方法。構(gòu)象搜索一般使用分子動力學(xué)或者蒙特卡洛等方法進(jìn)行隨即搜索，所搜到的構(gòu)象并不處在能量最低的構(gòu)型上，必須提取出來，再做一個能量優(yōu)化。 |
5樓2014-07-23 04:52:21
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