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伸手觸夢(mèng)銀蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中EST、reads和map的意思 已有1人參與
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| 差資料知道EST是從已建好的cDNA庫(kù)中隨機(jī)取出一個(gè)克隆，從5’末端或3’末端對(duì)插入的cDNA片段進(jìn)行一輪單向自動(dòng)測(cè)序，所獲得的約60-500bp的一段cDNA序列那既然知道cDNA的序列為什么還要測(cè)這些小片段的序列，不是多此一舉嗎？還有所獲得的約60-500bp的一段cDNA序列只是靠近5’末端或3’末端的60-500bp序列，還是從5’末端或3’末端依次測(cè)一段60-500bp的cDNA序列后，又接著測(cè)下一個(gè)60-500bp的一段cDNA序列呢，有點(diǎn)不懂它說(shuō)的單向測(cè)序獲得的60-500bp的一段cDNA序列是怎樣獲得的？轉(zhuǎn)錄組測(cè)序reads和map的意思也不懂？請(qǐng)大俠不吝賜教啊 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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cDNA是有特異性的，不同細(xì)胞、不同時(shí)期、不同狀態(tài)，它的cDNA都有可能不同。所以各種EST序列都是有價(jià)值的。 有一個(gè)順序你搞反了，是先有EST數(shù)據(jù)庫(kù)，才有cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)的。 EST序列是隨機(jī)的短片段序列，序列的延伸不是做緊接著做實(shí)驗(yàn)做出來(lái)的，而是計(jì)算機(jī)拼接。 做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的流程，你可以去網(wǎng)上找資料看看。 一個(gè)read（讀長(zhǎng)）就是一條測(cè)序結(jié)果，一次測(cè)序大概會(huì)有幾百萬(wàn)到上億的reads，隨著你的測(cè)序深度不同而異。 一個(gè)read，大概也就100bp左右，如果給你一大堆100bp左右的東西，你是看不懂的，所以要map（匹配）到基因組上，告訴這些片段一一屬于那個(gè)基因，或者說(shuō)每一個(gè)基因有多少片段。這樣你就能做差異分析或者其他分析了。 不知道我說(shuō)明白了沒(méi)？ |
2樓2014-08-18 17:53:33
伸手觸夢(mèng)
銀蟲(chóng) (正式寫手)
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3樓2014-08-18 20:26:24
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是的，我們提取細(xì)胞RNA，然后反轉(zhuǎn)錄成cDNA，這就是一個(gè)cDNA庫(kù)（cDNA library），和cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)是兩回事哦。 你這樣理解EST數(shù)據(jù)庫(kù)，沒(méi)什么問(wèn)題。 據(jù)我所知，測(cè)序公司也不會(huì)拿轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果去比對(duì)dbEST。 如果一段序列出現(xiàn)在dbEST上了，說(shuō)明它被轉(zhuǎn)錄了，可以從dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)新的基因。至于它還有其他什么應(yīng)用，你去ncbi看官方文檔吧。 |
4樓2014-08-19 19:41:45
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5樓2015-04-14 11:25:11
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