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高通量數(shù)據(jù)做本地blast時(shí)，如何將97%以上的比對(duì)結(jié)果全部顯示出來(lái)？
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各位有懂的嗎？之前在另一個(gè)區(qū)求助，知曉的煩請(qǐng)點(diǎn)一下鏈接 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7834451 各位蟲友，我有一批16S的高通量數(shù)據(jù)，然后我現(xiàn)在想做一個(gè)本地blast，把我手上的一部分序列（isolate.fasta）與高通量數(shù)據(jù)進(jìn)行blast，然后把所有高于97%的結(jié)果全部顯示出來(lái)，請(qǐng)大家?guī)兔Α?br /> 我是這樣做的，首先用格式化本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)（即16S高通量數(shù)據(jù)515F-907R.format.fq.fasta），用的是formatdb命令 formatdb -i 515F-907R.format.fq.fasta -p F -t My database -o T 然后生成三個(gè)擴(kuò)展名分別是：.pin、.psq、.phr的文件，然后就開始進(jìn)行本地blast，用blastall命令 blastall -p blastn -i isolate.fasta -d 515F-907R.format.fq.fasta -o myresult.blastout -T T -e 1e-10 -m 9 這樣運(yùn)行出來(lái)會(huì)有一個(gè)所有isolate.fasta的序列與庫(kù)序列比對(duì)的結(jié)果，但是每個(gè)比對(duì)結(jié)果只顯示前250個(gè)，有些可能比到第250個(gè)相似性也是99%以上，就說(shuō)說(shuō)還有許多庫(kù)序列與query的相似性高于97%，但是這部分就不顯示出來(lái)了。 請(qǐng)問一下大家，可以用什么程序解決這個(gè)問題，可不可以設(shè)置一個(gè)97%的閾值，比對(duì)高于這個(gè)值得全部顯示出來(lái)，低于97%的不顯示。剛剛接觸生物信息方面的工作，很多不太清楚，謝謝大家?guī)兔Γ? |
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