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shenyudong金蟲 (正式寫手)
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[求助]
請(qǐng)教：86個(gè)堿基DNA結(jié)構(gòu)如何優(yōu)化？(溶劑為水) 已有2人參與
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| 請(qǐng)問對(duì)如下分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化(溶劑為水)？，采用什么方法？是否可以用Gaussian09軟件包優(yōu)化？如果可以優(yōu)化，選什么方法，什么機(jī)組？如何設(shè)置計(jì)算參數(shù)？請(qǐng)各位大哥幫忙，謝謝啦！分子式如下： C831H1049N327O514P86(86個(gè)堿基構(gòu)成的DNA鏈) |
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sobereva
至尊木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金幣+5, ★有幫助, Gaussian里面也有Amber分子立場(chǎng)，不知是否可以用？如何用？我試了一下，老提示缺乏原子類型參數(shù)，請(qǐng)指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金幣+7, ★有幫助, 兄弟，能否給將詳細(xì)點(diǎn)？是用Amber程序包進(jìn)行么？如何設(shè)置參數(shù)？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+3 2014-09-29 06:43:29
shenyudong: 金幣+5, ★有幫助, Gaussian里面也有Amber分子立場(chǎng)，不知是否可以用？如何用？我試了一下，老提示缺乏原子類型參數(shù)，請(qǐng)指教！ 2014-09-29 11:12:30
shenyudong: 金幣+7, ★有幫助, 兄弟，能否給將詳細(xì)點(diǎn)？是用Amber程序包進(jìn)行么？如何設(shè)置參數(shù)？GB模式是什么？ 2014-10-02 13:22:57
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別說高斯了，連專做半經(jīng)驗(yàn)的MOPAC2012優(yōu)化這么大的體系都極困難。 最好的做法就是用分子力場(chǎng)優(yōu)化，比如常用的amber力場(chǎng)，結(jié)合GB模型，足夠給出合理的結(jié)構(gòu)。 |
2樓2014-09-28 23:18:52
qchem
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3樓2014-09-29 06:43:39
shenyudong
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4樓2014-09-29 11:10:07
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