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敏sunflower金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
計(jì)算擴(kuò)散系數(shù) 已有2人參與
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初學(xué)模擬，急需各位大俠的幫助！ 我最近在模擬A、B兩分子在聚合物中的擴(kuò)散系數(shù)，但是遇到了幾個(gè)問(wèn)題，想向各位請(qǐng)教一下 模擬過(guò)程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡結(jié)構(gòu)——5.NVT用于數(shù)據(jù)分析 （1）做完第5步NVT動(dòng)力學(xué)，分析得到MSD-t曲線，從而得到擴(kuò)散系數(shù)。但是發(fā)現(xiàn)對(duì)第4步結(jié)束時(shí)的最后一幀結(jié)構(gòu)平行做兩次NVT動(dòng)力學(xué)，分析得到的擴(kuò)散系數(shù)有時(shí)相差很大，這是什么原因那？ （2）有人說(shuō)是擴(kuò)散系數(shù)對(duì)初始結(jié)構(gòu)很敏感，但重新建模之后進(jìn)行上述1-5步模擬，發(fā)現(xiàn)得到的擴(kuò)散系數(shù)也相差很大 面對(duì)上述情況，怎樣取擴(kuò)散系數(shù)的值那？   |
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 擴(kuò)散系數(shù) |
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lsloneil
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前面300 ps的平衡是不需要重新進(jìn)行了，但是假如要像我前面帖子里說(shuō)的那樣從不同的初始條件下跑MD，你得把300 ps的構(gòu)型拿來(lái)跑1 ps, 2 ps, 3 ps ...這樣才能獲得不同的初始構(gòu)型。 選擇跑多少納秒來(lái)算MSD是很經(jīng)驗(yàn)性的問(wèn)題，具體情況取決于你的體系，這個(gè)我很難說(shuō)。我個(gè)人的經(jīng)驗(yàn)是對(duì)于幾千個(gè)原子的體系可能需要時(shí)長(zhǎng)達(dá)1 ns的MSD來(lái)計(jì)算擴(kuò)散系數(shù)，這樣的話你的MD至少要跑2 ns。 |
敏sunflower7樓2014-10-02 09:18:23
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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2樓2014-10-01 07:14:49
★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金幣+5 2014-10-01 09:18:18
敏sunflower: 金幣+5 2014-10-01 09:18:18
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3樓2014-10-01 07:22:17
敏sunflower
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4樓2014-10-01 09:21:14
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