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Xingxin-Kang

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[求助] 利用autodock對(duì)接時(shí)，配體的PDBQT文件出現(xiàn)的問(wèn)題已有1人參與

在用autodock做對(duì)接時(shí)，配體小分子從pdb格式轉(zhuǎn)換到pdbqt格式時(shí)，其中的鍵會(huì)斷開(kāi)來(lái)，使得一個(gè)完整的結(jié)構(gòu)，變成兩個(gè)部分，是什么原因？還有pdbqt格式在導(dǎo)入autodock時(shí)出錯(cuò)，是怎么回事兒？

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1樓 2014-10-14 23:25:47

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Xingxin-Kang: 金幣+2, ★有幫助 2014-10-16 09:27:30

用chenidraw或者高斯軟件優(yōu)化一下小分子結(jié)構(gòu)，優(yōu)化好了就不會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題了

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2樓2014-10-15 14:14:23

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2樓: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:14:23
用chenidraw或者高斯軟件優(yōu)化一下小分子結(jié)構(gòu)，優(yōu)化好了就不會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題了

我先優(yōu)化過(guò)了的，再到autodock里面去去水，分配電荷，尋找根原子，和旋轉(zhuǎn)鍵的呀。但是，我在優(yōu)化小分子時(shí)，我只是計(jì)算了最小能量，你說(shuō)的優(yōu)化結(jié)構(gòu)還有其他的方面嗎？

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3樓2014-10-16 09:25:55

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3樓: Originally posted by Xingxin-Kang at 2014-10-16 09:25:55
我先優(yōu)化過(guò)了的，再到autodock里面去去水，分配電荷，尋找根原子，和旋轉(zhuǎn)鍵的呀。但是，我在優(yōu)化小分子時(shí)，我只是計(jì)算了最小能量，你說(shuō)的優(yōu)化結(jié)構(gòu)還有其他的方面嗎？...

做做動(dòng)力學(xué)優(yōu)化或者M(jìn)M94等優(yōu)化結(jié)構(gòu)

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4樓2014-10-16 15:11:24

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4樓: Originally posted by pymol at 2014-10-16 15:11:24
做做動(dòng)力學(xué)優(yōu)化或者M(jìn)M94等優(yōu)化結(jié)構(gòu)...

可以既用MM2立場(chǎng)優(yōu)化，也用MM94等優(yōu)化配體，再去對(duì)接嗎？

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5樓2014-10-16 15:33:46

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