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動(dòng)力學(xué)可以真空模擬嗎？ 已有1人參與
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為了模擬真實(shí)環(huán)境，老板指示需要真空模擬， 可是對(duì)于我這種剛剛開始學(xué)習(xí)動(dòng)力學(xué)的人來說，有點(diǎn)暈菜了， 我是使用gromacs的，我把水溶劑全部去掉了，倒是也可以跑，可是動(dòng)能、勢(shì)能、總能量等全是正的，這是怎么回事兒呢？？ 是不是壓力什么的需要改呢？ 求指導(dǎo)�。�！ |
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2樓2014-10-28 09:51:34
ktwyw
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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說說我的理解： 1）不清楚為什么你導(dǎo)師要求你“為了模擬真實(shí)環(huán)境，指示需要真空模擬”， 真空模擬是最容易實(shí)驗(yàn)的，而且去除了所有的溶劑分子之后，真空體系的模擬計(jì)算速度也很快，大多數(shù)情況下都是作為一種簡化的模型來做。比如模擬一個(gè)大分子在真空中要比模擬一個(gè)大分子在真實(shí)溶劑中要簡單的太多。 2）“我是使用gromacs的，我把水溶劑全部去掉了，倒是也可以跑，可是動(dòng)能、勢(shì)能、總能量等全是正的”： 關(guān)于你說的這一點(diǎn)，體系的總能量是正的也不是什么問題，動(dòng)能，毫無疑問肯定是正的，勢(shì)能的話，你可以對(duì)勢(shì)能加減一個(gè)任意常數(shù)，所以絕對(duì)的勢(shì)能數(shù)值本身并沒有太多意義。你可能更多是要關(guān)注分子結(jié)構(gòu)的信息，看看是否合理？ 3）如果真的是做真空體系的模擬（比如一個(gè)分子在一個(gè)真空的大BOX里），我覺得不要用NPT系綜，用NVT是可以的，這個(gè)時(shí)候壓力值本身也沒有太多意義，也不可能和真實(shí)的實(shí)驗(yàn)條件對(duì)應(yīng)起來。 |
3樓2014-10-28 16:48:59
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