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[求助]
動力學可以真空模擬嗎？ 已有1人參與
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為了模擬真實環(huán)境，老板指示需要真空模擬， 可是對于我這種剛剛開始學習動力學的人來說，有點暈菜了， 我是使用gromacs的，我把水溶劑全部去掉了，倒是也可以跑，可是動能、勢能、總能量等全是正的，這是怎么回事兒呢？？ 是不是壓力什么的需要改呢？ 求指導�。�！ |
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ktwyw
木蟲 (小有名氣)
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【答案】應助回帖
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說說我的理解： 1）不清楚為什么你導師要求你“為了模擬真實環(huán)境，指示需要真空模擬”， 真空模擬是最容易實驗的，而且去除了所有的溶劑分子之后，真空體系的模擬計算速度也很快，大多數(shù)情況下都是作為一種簡化的模型來做。比如模擬一個大分子在真空中要比模擬一個大分子在真實溶劑中要簡單的太多。 2）“我是使用gromacs的，我把水溶劑全部去掉了，倒是也可以跑，可是動能、勢能、總能量等全是正的”： 關于你說的這一點，體系的總能量是正的也不是什么問題，動能，毫無疑問肯定是正的，勢能的話，你可以對勢能加減一個任意常數(shù)，所以絕對的勢能數(shù)值本身并沒有太多意義。你可能更多是要關注分子結構的信息，看看是否合理？ 3）如果真的是做真空體系的模擬（比如一個分子在一個真空的大BOX里），我覺得不要用NPT系綜，用NVT是可以的，這個時候壓力值本身也沒有太多意義，也不可能和真實的實驗條件對應起來。 |
3樓2014-10-28 16:48:59
2樓2014-10-28 09:51:34
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