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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » gromacs 計算二面角
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zhuimeng08銀蟲 (正式寫手)
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[交流]
gromacs 計算二面角 已有2人參與
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我用的命令;g_angle -f md.xtc -n angle.ndx -oc dihan.xvg 報的錯誤：Fatal error: number of index elements not multiple of 3, these can not be angle triplets 求幫助�。。。。� 但是說明：g_angle computes the angle distribution for a number of angles or dihedrals. With option -ov, you can plot the average angle of a group of angles as a function of time. With the -all option, the first graph is the average and the rest are the individual angles. With the -of option, g_angle also calculates the fraction of trans dihedrals (only for dihedrals) as function of time, but this is probably only fun for a select few. With option -oc, a dihedral correlation function is calculated. It should be noted that the index file must contain atom triplets for angles or atom quadruplets for dihedrals. If this is not the case, the program will crash. With option -or, a trajectory file is dumped containing cos and sin of selected dihedral angles, which subsequently can be used as input for a principal components analysis using g_covar. Option -ot plots when transitions occur between dihedral rotamers of multiplicity 3 and -oh records a histogram of the times between such transitions, assuming the input trajectory frames are equally spaced in time. 應該沒有問題呀，奇怪了就是算不了！ |
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2樓2014-11-07 10:48:30
3樓2017-11-09 11:02:59
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