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micro-chh銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)可信度的問(wèn)題 已有1人參與
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| 生物信息學(xué)里有講系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建，各位大神了解不？發(fā)育樹(shù)節(jié)點(diǎn)處的數(shù)字代表可信度，越大越好！我做的發(fā)育樹(shù)可信度好低，，，小伙伴們知道是什么原因不？如何提高？謝謝，，，， |
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【答案】應(yīng)助回帖
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micro-chh: 金幣+5, ★有幫助 2014-12-26 10:45:58
micro-chh: 金幣+5, ★有幫助 2014-12-26 10:45:58
| 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)上的數(shù)字代表可信度，和在Blast時(shí)的序列相似度是不同的，我在建樹(shù)時(shí)也遇到了這個(gè)問(wèn)題，命名序列的相似度很高，但系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)上面的可信度卻很低，這是因?yàn)檫@兩個(gè)完全是兩回事。我也還在建樹(shù)的摸索階段，建樹(shù)時(shí)可以選擇已知的細(xì)菌序列（從參考文獻(xiàn)中選�。墨I(xiàn)里有很多別人建過(guò)的樹(shù)，可以選擇相同的序列，而且要多選一些不同的序列來(lái)進(jìn)行系統(tǒng)樹(shù)的構(gòu)建。這樣就可以大致知道你的序列是在哪個(gè)Cluster里面。我現(xiàn)在遇到的問(wèn)題是需不需要對(duì)測(cè)序的結(jié)果進(jìn)行OTU分類(lèi)，如果你已經(jīng)對(duì)建樹(shù)熟練了，希望一起討論討論哈~ |
2樓2014-12-25 11:20:00
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| 我不注意發(fā)育樹(shù)節(jié)點(diǎn)處的數(shù)字。我注意的問(wèn)題是建樹(shù)時(shí)候選擇的序列一定要是確認(rèn)序列無(wú)誤的，特別是在蛋白質(zhì)序列方面，一定要有論文確認(rèn)該序列缺失編碼一個(gè)具有該功能的蛋白質(zhì)（functional characterized），不能用理論序列（putative）。在其它序列方面也是如此，有的作者自己都亂搞，用未驗(yàn)證的序列的，所以得到序列號(hào)之后一定要上NCBI查序列對(duì)應(yīng)的reference看看是否functional characterized還是putative。如果選擇putative的，就會(huì)從根本上導(dǎo)致建樹(shù)不可信。 |
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micro-chh3樓2014-12-25 16:42:56
micro-chh
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4樓2014-12-26 10:44:51
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