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maggie鳳木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Gromacs把蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)跑散了怎么辦 已有1人參與
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RT 用的1UBI蛋白 按照下面的步驟跑了10ns模擬 pdb2gmx -f 1UBI.pdb -o 1UBI.gro editconf -f 1UBI.gro -o conf.gro -c -box 5 5 5 genbox -cp conf.gro -cs -p topol.top -o box.gro grompp -c box.gro -p topol.top -f em.mdp -o em.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm em grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm nvt grompp -f npt.mdp -t nvt.cpt -c nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm npt grompp -f md.mdp -c npt.gro -p topol.top -o md.tpr -maxwarn 10 mdrun -deffnm md 最后把.xtc文件做成pdb 在pymol里顯示的蛋白里的四個(gè)beta折疊全都少了一大截 有的時(shí)候還會(huì)徹底消失 那些消失的beta折疊的位置的RMSF都偏大 但是不如loop區(qū)那么大 求解這是怎么回事 萬(wàn)謝 |
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maggie鳳
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2樓2014-12-11 13:20:32
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4樓2014-12-16 11:51:00
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