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liuchenhan新蟲 (小有名氣)
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linux集群使用問題 已有1人參與
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本人需要指定輸出能量到comment文件，所用計(jì)算資源為北京超級計(jì)算中心 intel處理器。 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ./vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }’` ### 第15行 echo $i $E >>comment ### 第16行 done 錯誤如下： ./do: command substitution: line 15: unexpected EOF while looking for matching `'' ./do: command substitution: line 16: syntax error: unexpected end of file 還有輸出的總能量是系統(tǒng)的總能量絕對值嗎？就是有沒有減去POTCAR中EATOM，E如果減去了，那么若系統(tǒng)中有2個原子，那就減去了2*EATOM？ |
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liuchenhan: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-12-17 08:45:02
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第15行引號有問題，可能是反引號和引號，中文引號和英文的關(guān)系。你這里不是編輯器，不能顯示顏色，我只能告訴你是$5后面兩個引號的問題。修改如下： #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ./vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'` echo $i $E >>comment done 你粘貼過去試試。 另外，我建議你改腳本為grep “energy without entropy”而不是grep “TOTEN” |
2樓2014-12-16 18:01:14
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