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liuchenhan

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[求助] linux集群使用問題已有1人參與

本人需要指定輸出能量到comment文件，所用計算資源為北京超級計算中心 intel處理器。
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"
./vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }’` ### 第15行
echo $i $E >>comment ### 第16行
done

錯誤如下：
./do: command substitution: line 15: unexpected EOF while looking for matching `''
./do: command substitution: line 16: syntax error: unexpected end of file

還有輸出的總能量是系統(tǒng)的總能量絕對值嗎？就是有沒有減去POTCAR中EATOM，E如果減去了，那么若系統(tǒng)中有2個原子，那就減去了2*EATOM？

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1樓 2014-12-13 10:50:57

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

未岸亡靈

鐵桿木蟲 (著名寫手)

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1ST強帖: 2
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專業(yè): 理論和計算化學

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
liuchenhan: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-12-17 08:45:02

第15行引號有問題，可能是反引號和引號，中文引號和英文的關(guān)系。你這里不是編輯器，不能顯示顏色，我只能告訴你是$5后面兩個引號的問題。修改如下：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 150 200 250 300 350 400
do
cat > INCAR <<!
SYSTEM = Si-Diamond
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV"
./vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'`
echo $i $E >>comment
done

你粘貼過去試試。
另外，我建議你改腳本為grep “energy without entropy”而不是grep “TOTEN”

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2樓2014-12-16 18:01:14

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