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小六琦琦新蟲 (初入文壇)
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[求助]
1700基因的克隆 已有3人參與
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最近在克隆一個(gè)1700bp的基因,引物是根據(jù)轉(zhuǎn)錄組序列設(shè)計(jì)的。因?yàn)槭侨L, 所以引物沒辦法多選,只能是起始密碼子開始,到終止密碼子,但是無論怎么P,都P不出來~然后又做了一個(gè)3’RACE,得到了終止密碼子后面的序列,根據(jù)3‘RACE的序列設(shè)計(jì)下游引物,依然P不出來~ 但是單加一個(gè)全長正(反)引物,與一個(gè)中間位置的反(正)引物一起P,可以擴(kuò)增上游1300bp,下游1200bp的片段, 曾經(jīng)也拿Mix P出過一次1700的全長,但是因?yàn)槭荕ix,有錯(cuò)配,不能用~ 以后拿LA Taq酶P,就再也消失不見了、、、、 但是能證明轉(zhuǎn)錄組序列是對的~ 求各位大神指教,這是為什么呢?下一步該怎么做呢? 是引物的問題呢?還是模板有高級結(jié)構(gòu)呢? |
木蟲 (正式寫手)
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我覺得你這種情況,可以這樣,在上游1300和下游1200的重疊區(qū)試著找個(gè)酶切位點(diǎn),通過這個(gè)酶切位點(diǎn)把兩段分別連載體上,得到全長;或者用此兩段同時(shí)做模版,全長的一對引物擴(kuò)增,也許會(huì)比cDNA做模板效果好也不一定。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
新蟲 (初入文壇)
新蟲 (初入文壇)
| 你這樣試試,先在起始密碼子和終止密碼子處設(shè)計(jì)一對引物,引物序列稍微長一點(diǎn),不加酶切位點(diǎn),這樣擴(kuò)增效果可能會(huì)好一點(diǎn),連到載體上之后再根據(jù)上面二樓仁兄的方法,挑選陽性克隆用加酶切位點(diǎn)的引物擴(kuò)增,如果還是出不來,建議做個(gè)5'RACE在UTR區(qū)設(shè)計(jì)引物再做克隆。 |

木蟲 (正式寫手)
新蟲 (初入文壇)
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