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張永婧1991新蟲 (初入文壇)
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[求助]
高通量測序與T-RFLP的結(jié)合
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本人做的是豬腸道微生物多樣性，是個新手，有很多問題需要請問大師們。 1、做T-RFLP用通用引物擴增細(xì)菌組總DNA的保守區(qū)，然后酶切，根據(jù)片段數(shù)據(jù)庫對比找到對應(yīng)菌群，這個工作已經(jīng)完成了，但疑問是發(fā)文章用數(shù)據(jù)庫比對可靠嗎？應(yīng)該是要跟測序?qū)Ρ劝�？那么問題又來了，我看零幾年發(fā)的文章大多數(shù)就是用通用引物擴增保守區(qū)后克隆測序，拿回來的數(shù)據(jù)再找對應(yīng)菌，這個測序是全序列測序嗎？拿回來數(shù)據(jù)能跟酶切數(shù)據(jù)比對嗎？現(xiàn)在用這個還能發(fā)好一點的文章嗎？ 2、導(dǎo)師想法是做個高通量測序，因為我們實驗室以前沒做過這方面的東西，弄得也是頭大。我的問題就是，高通量測序應(yīng)該測得都是可變區(qū)，得出結(jié)果后跟我酶切的保守區(qū)有什么內(nèi)在聯(lián)系呢？這兩個方法能同時聯(lián)系來說明多樣性的問題嗎？如果不做高通量，根據(jù)酶切所得的不是很可靠的結(jié)果，做定量PCR能驗證嗎？但是做多樣性的話，定量需要定很多菌種吧？ 好多問題啊，希望大神們能給多給點指點，感覺一入分子深似海，從此畢業(yè)是路人啊！ |
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2樓2015-01-12 10:58:22
3樓2015-01-21 23:17:50
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