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張永婧1991新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
高通量測(cè)序與T-RFLP的結(jié)合
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本人做的是豬腸道微生物多樣性，是個(gè)新手，有很多問(wèn)題需要請(qǐng)問(wèn)大師們。 1、做T-RFLP用通用引物擴(kuò)增細(xì)菌組總DNA的保守區(qū)，然后酶切，根據(jù)片段數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比找到對(duì)應(yīng)菌群，這個(gè)工作已經(jīng)完成了，但疑問(wèn)是發(fā)文章用數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)可靠嗎？應(yīng)該是要跟測(cè)序?qū)Ρ劝�？那么�?wèn)題又來(lái)了，我看零幾年發(fā)的文章大多數(shù)就是用通用引物擴(kuò)增保守區(qū)后克隆測(cè)序，拿回來(lái)的數(shù)據(jù)再找對(duì)應(yīng)菌，這個(gè)測(cè)序是全序列測(cè)序嗎？拿回來(lái)數(shù)據(jù)能跟酶切數(shù)據(jù)比對(duì)嗎？現(xiàn)在用這個(gè)還能發(fā)好一點(diǎn)的文章嗎？ 2、導(dǎo)師想法是做個(gè)高通量測(cè)序，因?yàn)槲覀儗?shí)驗(yàn)室以前沒(méi)做過(guò)這方面的東西，弄得也是頭大。我的問(wèn)題就是，高通量測(cè)序應(yīng)該測(cè)得都是可變區(qū)，得出結(jié)果后跟我酶切的保守區(qū)有什么內(nèi)在聯(lián)系呢？這兩個(gè)方法能同時(shí)聯(lián)系來(lái)說(shuō)明多樣性的問(wèn)題嗎？如果不做高通量，根據(jù)酶切所得的不是很可靠的結(jié)果，做定量PCR能驗(yàn)證嗎？但是做多樣性的話，定量需要定很多菌種吧？ 好多問(wèn)題啊，希望大神們能給多給點(diǎn)指點(diǎn)，感覺(jué)一入分子深似海，從此畢業(yè)是路人啊！ |
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dllchina: 金幣+1, 榧撳姳浜ゆ? 2015-01-21 23:37:47
dllchina: 金幣+1, 榧撳姳浜ゆ? 2015-01-21 23:37:47
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1、現(xiàn)在都是測(cè)序后 和數(shù)據(jù)庫(kù)在比對(duì)的 結(jié)果 2、你測(cè)序的結(jié)果也是 需要跟數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)才能找到對(duì)應(yīng)的細(xì)菌種屬啊 3、高通量 用的是 保守區(qū)的引物 去擴(kuò)增可變區(qū)，你是16S rRNA測(cè)序吧 這個(gè)是擴(kuò)增子測(cè)序 相對(duì)好做一些 4、多樣性的問(wèn)題 就是測(cè)序后再比對(duì)后 得到的菌群結(jié)構(gòu) 5、一般大家都是用qPCR驗(yàn)證測(cè)序結(jié)果的 只需要做幾個(gè)有差異的種屬即可 |
3樓2015-01-21 23:17:50
2樓2015-01-12 10:58:22
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