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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » PCR相關 » 引物設計問題
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[求助]
引物設計問題 已有2人參與
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請教一下各位師兄師姐，我要擴增一段基因，在gene bank里查詢到mRNA長度為3590bp，CDS從61到3028bp，我需要設計一對特異性引物包含該基因所有片段，那么，我設計的時候是不是只能從61bp和3028bp處開始尋找較好的引物呢？這樣的話引物幾乎固定了，選擇的范圍就很小了，只能是增加減少堿基的區(qū)別，設計出來的引物很多found，怎么辦呢？ 如果從CDS序列中間尋找較好的引物，只能擴出其中的一部分，我需要做該基因的克隆、原核表達及免疫效果，只用其中一部分是不是沒有說服力，必須擴增出全部呢？ 另外在5‘端設計酶切位點時，用不用考慮對引物TM值的影響呢？加入酶切位點以后，5’端還需要保護堿基嗎（酶切位點分別是BamHI、EcoRI） 剛進實驗室的小白，請各位大神不吝賜教，小妹一定虛心接受批評建議。跪謝。 |
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mataomatao
禁蟲 (正式寫手)
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
7樓2015-05-09 09:15:15
2樓2015-05-07 19:38:04
3樓2015-05-08 11:47:14
★ ★ ★
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2015-05-08 22:24:28
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2015-05-08 22:24:28
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1.cDNA是包含5‘UTR區(qū)和3'UTR區(qū)的。 2.直接在61和3028處設計引物的話，可能找不到合適的引物，就像你說的有很多fund，這樣會影響擴增效率；另外，這一步PCR時用的模板是cDNA，是各種cDNA的混合物，模板復雜，易錯配，也會影響擴增結果。綜上，這樣直接設計引物擴經(jīng)常會出現(xiàn)擴不出或擴出非目標帶的問題，導致實驗無法繼續(xù)。先設計特異性好、擴增效率高的引物把序列得到，連到載體上，以載體為模板，再以61和3028處的引物去擴，這樣因為模板是單一的，即使引物不是很合適，仍能得到高效擴增。 3.3000是長，但也不是不能擴，所以更要按我說的方法擴。有全長就不用做RACE了，或者你可以用重疊PCR試試，把你的3000多序列分兩次擴，然后再擴全長。 |
4樓2015-05-08 13:09:14
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