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xuxul金蟲 (初入文壇)
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分子動(dòng)力學(xué)模擬，如何計(jì)算需要加入的離子個(gè)數(shù)？ 已有1人參與
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在gromacs軟件運(yùn)行過程中，對于離子的加入，個(gè)數(shù)是如何計(jì)算的？ 我看到《水中的溶菌酶》教程中說“pdb2gmx 的輸出文件告訴我們這個(gè)蛋白質(zhì)包含+8e 的靜電荷(由于它的氨基酸組成)。如果你忽略了pdb2gmx 輸出文件的這個(gè)信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它將顯示“qtot 8.”. 因?yàn)樯胁淮嬖陟o電荷，所以我們需要往我們的系統(tǒng)里面添加離子�！倍凇禛romacs初學(xué)者寫給初學(xué)者的心得，歡迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入離子的個(gè)數(shù)，一般我們要求NaCl是0.1m/l，就是說600個(gè)水分子加Na+ Cl-各一個(gè)。好，上面記錄的水分子個(gè)數(shù)有用了，計(jì)算一下需要多少，如果有困難，可以問小學(xué)生”。 因此，我想問一下，這個(gè)添加的離子個(gè)數(shù)依據(jù)是什么？個(gè)數(shù)的多少是如何計(jì)算的？如果NaCl是1m/l，加入離子個(gè)數(shù)又該如何計(jì)算呢？ 在此謝謝大家 引用的之前的帖子，再次咨詢一下。http://www.gaoyang168.com/html/201407/7685683.html。感謝大家。 |
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