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108391銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何去除模板pdb文件的異原子用于分子置換
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| 用phenix做分子置換，找到的模板是蛋白（B鏈）和DNA（A鏈）的復(fù)合物，并有水，要去除結(jié)構(gòu)中的DNA和水，只保留蛋白部分（B鏈），生產(chǎn)新的pdb文件作為分子置換模板，今天折騰一天了。老板說(shuō)用ccp4的Chainsaw做，結(jié)果沒能成功，可能是Use the sequence alignment format （PIR）這一步不正確，我用clustal X2生成的pir文件；想用phenix的sculptor做，結(jié)果今天一天都上不了phenix的網(wǎng)站。請(qǐng)做過(guò)的蟲友幫忙，用ccp4或phenix做最好。 |
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銅蟲 (初入文壇)
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- 注冊(cè): 2011-06-16
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- 專業(yè): 免疫生物學(xué)
2樓2015-06-10 21:59:33
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