 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3156 | 回復(fù): 18 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
餓的神啊新蟲 (著名寫手)
|
[求助]
哪位戰(zhàn)友能幫我設(shè)計(jì)一下RACE用的GSP引物嗎 已有2人參與
|
|
|
打算做race，試劑盒也買好了，但是在設(shè)計(jì)GSP上遇到了問題，在oligo7上單獨(dú)搜索上游引物或下游引物失�。ㄏ薅嗽诒Ｊ貐^(qū)內(nèi)），按對(duì)搜索的時(shí)候能成功，但問題是本應(yīng)該在靠近5‘端設(shè)計(jì)3’race用的forward GSP primer，在靠近3‘端設(shè)計(jì)5’race用的reverse GSP primer，按對(duì)搜索的時(shí)候就反過來了，上游引物在5‘端，下游引物在3’端。而且我看說明書上說引物3‘端的GC含量要低，3’端最末的5個(gè)堿基中G或C不得多于2個(gè)，但是我設(shè)計(jì)的沒有一條能達(dá)到要求。現(xiàn)附上序列，請(qǐng)高手幫幫忙吧，感激不盡！ GCCCTTTTATGCCTTTGAACCACTCGAATGAACCTTGTTCCCTTGTCACCCAATAGAAGTATGCTTTTCTTGTATTGAATGATGAATTCTTGTTGTTGTTGTTTACTGTTAATCCTGACTCTAAATTGTTGTCTTCTGATTTCATGTTGTTGATGATGTCTTTGACTATGCTGATCATGGGAGTAGCCCCAATTCCAAGCCCCACTAGTAGCACTACATCATATTTTTTATAGTCTTGAGCTGGTGCTCCATATGGTCCGTCTATTAATATCTTTGGAAACCCTCGAGAGTTATTTTCCCTTTCTGCTCTAAGAAGACCGCTCTTCCCAGCAGGTGCAGGCTGGCAAACCTCAGAGAAAACTGTCTTAAGCTGCCTAGTCCAATCGCCCAAAGTTCGGATATGAACGCTGAGGTAGTCATCTCCTGGTGATGATGTGATGGAAAACGGATGCCATTCGAACGGTGAGACGGCAGCGCAATTTACGAACATGTACTGTCCGCTCTTGTATTTGAAGCCTTGTGGTTTTGACATGTGTAATGCCAAGGCATTTCCAGGATAAACAGCAACCTTGAGAATCTTGACAGGCTCGATGCTTGATCTCAAAGCTCTAGTCAATCTCTCACAAGCATAAAGAACCATCGGGACAGCCAGATACATCCATGTCGTCTTCTGATACCATTTCTTGGTGAGATAGAGTTTAATTCCATGGACAATGAGAGGGGTATAGACAATGATGAAAAGATGATGTGAGTACCAAAAGGCATTGAATCCAGTGAGTCTTTTAAGTGGTTTTGGCAGATTGAGCTTGTTGCGCCTGAACCAAGGCGTTGCCAAAGTGAATGCTATCACCATTAACACCACCATTATGATCCCTGTTACTCCTTCAACTCCCTTTACAAACCACCAGTAATTATCCGGTTGCTCGTCCCCAAAGTAAGGCTTCATTGGCTCGTATTCTTCTTCAGTCGCGTGGAGGAGTCGCGGGAAATCACAGGTTAGATGAGCTCCGCCGTGTAATATAACTCCAATCCCAATTCCAACCGCGATCACCTTATGGAAATTTAAGTTGTCATCGAAAGGGACAACAAGTCCTAATTTAGTTTTGTTTCTGAGCCATGTGATGGTGTTTCGGCAAACTGGTAATAATATCAAGGCCATGTTGAATTTAAGTGTCTCTGCTCCTCCTTTAGCAATGCAAACGCAATAGCCCATCACATCATAAGCAGCCTTGTTTCGGTACTGCACAAACTTGTAGGCAAATAAACCCCCGACAATTCCAAGCCACAACAGCATAATCCAAACCCTTTGCCAATTATCCATCAAAAAGTACTTAATCTTCTGATAACATTTTCGTAATGGGTTGTTTTCTTGGGTTGGCTTCAGCTTCTGGCTCAACATTTGACTCAGAATTCGACTGTCTCCTACTCTTACAGATTGATTTGGAGCTTGCAACAACAATGTTTCCAGGTTATGAATCATGATGTATCCGGCATTGTCAGGGTCTAATTCTTCCATAATCATGGCTGCATATTCCTCTGCTTGTTTCTGAATGTTGGAGAGCTTGTTTGCAGAAGCACTCAGACTAATAATCTCTTTGACTTCTTCTTCAGTGATTCTTCCATCAGCGTCTGTGTCGACCATGTCAAAGAAAGTTTGGAGCCTGGAGTCAAAGCTCTCGTCGGAAATCTGGTCCCAAAACTCCTTGAGCTGAGCTTTGTTGATAGAGTCACCACTTATATTATGCTTTCTACAAAGTCCTCGGAATAGCTCACCCGCAAATTCTTTAGACTCCTTGTTCATCCCTATGCATTCGCCGAACATCGAGCAATGAAGAAGGCCGTCGGAGGTCGTGATGGCGAGCTCGTTATACCGCTTCTCGACGGCAGGCCAGCCATTTCCGGCAGCTCCCGTCTTGGTGGTGATGAACTTGAGTCCTTTAAGAGCATGAGCTGCAGCGGATTTAGTCCTATCAAAACGCCTGCTGCTGGGTCGCCGTGTCAAGGAAGCAAAGCGTTTGAGCTCTTGAGAGACCTGCTTGATATGCGAGGAAGTGAAGGGC 這條序列的兩個(gè)保守氨基酸序列分別為TKSAAAHALKGLKFITTKTGAAGNGWPAVEKRY NELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGLCRKHNISGDSINKAQLKEFWDQ ISDESFDS（blastx后對(duì)應(yīng)原核苷酸序列為1966-1655）和ILKVAVYPGNALALHMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHI RTLGDWTRQLKTVFS（blastx后對(duì)應(yīng)原核苷酸序列為577-353），說了也奇怪，我再ORF上搜索的時(shí)候明明是第一條氨基酸保守區(qū)在上游，第二條氨基酸保守區(qū)在下游，可不知道為什么，blastx后卻發(fā)現(xiàn)，第一個(gè)保守區(qū)變到下游去了，而且NCBI上給的序列還是反的，是1966-1655和577-353，按道理不應(yīng)該是從小到大嗎？ 所以我有3個(gè)問題：1、為什么應(yīng)該在上游的保守序列跑到了下游？2、這個(gè)序列編號(hào)為什么是從大到�。�3、就是RACE的引物設(shè)計(jì)問題了。 附上我自設(shè)計(jì)的引物 GSP - RACE.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
蛋白質(zhì)檢測(cè)：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有208人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 已知引物序列，怎么計(jì)算擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度（bp）
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 想請(qǐng)教一下做RACE時(shí)，特異性引物的設(shè)計(jì)問題，以及如何根據(jù)同源保守區(qū)設(shè)計(jì)引物？
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 5‘race 引物設(shè)計(jì)
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 序列比對(duì)后怎么設(shè)計(jì)RACE的特異性引物
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 求助，關(guān)于pcr擴(kuò)增后產(chǎn)物序列在ncbi上的比對(duì)，以及3' race接頭引物的設(shè)計(jì)。。
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 測(cè)序結(jié)果分析，以及RACE引物設(shè)計(jì)。求助呢
已經(jīng)有3人回復(fù)
- RACE的引物設(shè)計(jì)問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 通過RT-PCR 獲得了一段保守序列 接著如何設(shè)計(jì)RACE引物
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 關(guān)于takata公司的5‘RACE試劑盒中的引物設(shè)計(jì)
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助/交流】反轉(zhuǎn)錄時(shí)該選用oligo dT還是 隨機(jī)6引物？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助/交流】RACE引物設(shè)計(jì)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】5-RACE問題
已經(jīng)有14人回復(fù)
餓的神啊
新蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 5982.7
- 散金: 122
- 帖子: 1004
- 在線: 66.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 2477988
- 注冊(cè): 2013-05-23
- 性別: MM
- 專業(yè): 植物病理學(xué)
7樓2015-07-08 09:24:10
2樓2015-07-06 11:25:20
餓的神啊
新蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 5982.7
- 散金: 122
- 帖子: 1004
- 在線: 66.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 2477988
- 注冊(cè): 2013-05-23
- 性別: MM
- 專業(yè): 植物病理學(xué)
3樓2015-07-07 08:47:18
【答案】應(yīng)助回帖
|
按照RACE試劑盒手冊(cè)進(jìn)行�。∥覀冇肧MART race試劑盒。 用降落pcr+巢氏pcr進(jìn)行擴(kuò)增。 長(zhǎng)度：20~28bp，我一般選22~25bp, 產(chǎn)物長(zhǎng)度：至少100bp（3‘和5’ 重疊區(qū)） 引物可以用DNAman進(jìn)行擴(kuò)增效率檢測(cè)；用NCBI primer-blast進(jìn)行特異性驗(yàn)證。 要是還不清楚，認(rèn)真看看Primer3的使用手冊(cè)。 http://primer3.ut.ee/ or http://www.simgene.com/Primer3 |
4樓2015-07-07 11:37:24
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 283求調(diào)劑（080500） +3 | A child 2026-03-27 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑 +3 | Micky11223 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +5 | 十閑wx 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +12 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 材料292調(diào)劑 +11 | 橘頌思美人 2026-03-23 | 11/550 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工考研調(diào)劑
+16
|
孅華 2026-03-22 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +3 | 溪云珂 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +8 | hanamiko 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +7 | 87639 2026-03-21 | 12/600 |
|
|
|
[考研]
一志愿廈門大學(xué)化學(xué)學(xué)碩307求調(diào)劑
+8
|
y7czhao 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 亞克西good 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 085602化學(xué)工程求調(diào)劑。
+4
|
平樂樂樂 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程 317求調(diào)劑 +4 | JKSOIID 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調(diào)劑 +6 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研一志愿蘇州大學(xué)初始315（英一）求調(diào)劑 +3 | sbdksD 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +7 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 冬十三 2026-03-24 | 3/150 |
|