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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 【討論】分子模擬還是同源建模
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[交流]
【討論】分子模擬還是同源建模
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| 在做分子對接時，如果沒有蛋白質的三維結構，一般通過同源建模得到所需蛋白質的三維結構�，F(xiàn)在想和各位蟲蟲們討論一下：是在swiss-model上面下載上面自動建模得到的蛋白質好呢，還是自己同源建模得到的三維結構比較好？請各位各抒己見，好讓我們這些比較晚接觸這方面的有所取舍。 |
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2樓2011-03-07 12:02:25
3樓2011-06-04 10:49:39
★
奮斗1s(金幣+1):謝謝參與
奮斗1s(金幣+3): 謝謝你的詳細指導呀！ 2011-06-04 18:25:46
奮斗1s(金幣+1):謝謝參與
奮斗1s(金幣+3): 謝謝你的詳細指導呀！ 2011-06-04 18:25:46
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其實這個標題取得就有問題，呵呵~同源模建只是分子模擬的一種手段而已，自己建模是個什么意思？我的理解是利用modeller?這里有幾個問題需要說明： 1.其實modeller和SWISS-MODEL構建模型的過程是很類似的，如果目標蛋白和模板蛋白的序列一致性比較高的話，SWISS-MODEL是個很不錯的選擇��！ 2.對于序列一致性比較低的序列來說，兩種軟件都不會是最好的選擇，這是同源模建本身的方法引起的，而不是軟件之間的不同。 3.如果你有比較奇怪的要求的話，modeller可以自己控制的步驟比較多，相對來說自由度能大一些，但是現(xiàn)在SWISS-MODEL也可以實現(xiàn)雜原子建模和多聚體建模了~我感覺就很不錯了 4.SWISS-MODEL本身提供了一些模型評價的指標，對你了解模型的質量有很大的幫助，為何不用呢？哈哈 |
4樓2011-06-04 11:08:36
5樓2011-06-04 12:32:30
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16樓2012-08-15 10:50:53
17樓2012-08-15 11:14:38
簡單回復
huagai8樓
2011-07-01 16:31
回復
奮斗1s(金幣+1):謝謝參與
馬清清10樓
2012-04-17 15:23
回復
奮斗1s(金幣+1): 謝謝參與
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