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奮斗1s

金蟲(chóng) (正式寫手)

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[交流] 【討論】分子模擬還是同源建模

在做分子對(duì)接時(shí)，如果沒(méi)有蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，一般通過(guò)同源建模得到所需蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)�，F(xiàn)在想和各位蟲(chóng)蟲(chóng)們討論一下：是在swiss-model上面下載上面自動(dòng)建模得到的蛋白質(zhì)好呢，還是自己同源建模得到的三維結(jié)構(gòu)比較好？請(qǐng)各位各抒己見(jiàn)，好讓我們這些比較晚接觸這方面的有所取舍。

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1樓 2011-03-02 20:44:51

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shuifen1108

金蟲(chóng) (正式寫手)

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★ ★
奮斗1s(金幣+2): thanks a lot 2011-07-02 18:44:03
zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-07-02 23:26:07

個(gè)人覺(jué)得SWISS-MODEL建模有點(diǎn)太粗糙了自己建模好一點(diǎn) 但最重要的還是后面的優(yōu)化步驟，跑分子動(dòng)力學(xué)對(duì)所建的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，再做分子對(duì)接比較好，只是優(yōu)化需要很長(zhǎng)時(shí)間，ＬＺ要有心理準(zhǔn)備

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9樓2011-07-02 15:51:45

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fiend_wing_bo

銀蟲(chóng) (小有名氣)

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★ ★ ★
奮斗1s(金幣+1):謝謝參與
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-03-07 15:50:21

我覺(jué)得如果是你的蛋白有晶體結(jié)構(gòu)的話當(dāng)然直接下載的好，如果沒(méi)有，就只能建模了

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2樓2011-03-07 12:02:25

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houxuben

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★
奮斗1s(金幣+1):謝謝參與

自我感覺(jué)還是自己建比較放心一些

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3樓2011-06-04 10:49:39

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zh1987hs

金蟲(chóng) (著名寫手)

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奮斗1s(金幣+1):謝謝參與
奮斗1s(金幣+3): 謝謝你的詳細(xì)指導(dǎo)呀！ 2011-06-04 18:25:46

其實(shí)這個(gè)標(biāo)題取得就有問(wèn)題，呵呵~同源模建只是分子模擬的一種手段而已，自己建模是個(gè)什么意思？我的理解是利用modeller?這里有幾個(gè)問(wèn)題需要說(shuō)明：
1.其實(shí)modeller和SWISS-MODEL構(gòu)建模型的過(guò)程是很類似的，如果目標(biāo)蛋白和模板蛋白的序列一致性比較高的話，SWISS-MODEL是個(gè)很不錯(cuò)的選擇�。�
2.對(duì)于序列一致性比較低的序列來(lái)說(shuō)，兩種軟件都不會(huì)是最好的選擇，這是同源模建本身的方法引起的，而不是軟件之間的不同。
3.如果你有比較奇怪的要求的話，modeller可以自己控制的步驟比較多，相對(duì)來(lái)說(shuō)自由度能大一些，但是現(xiàn)在SWISS-MODEL也可以實(shí)現(xiàn)雜原子建模和多聚體建模了~我感覺(jué)就很不錯(cuò)了
4.SWISS-MODEL本身提供了一些模型評(píng)價(jià)的指標(biāo)，對(duì)你了解模型的質(zhì)量有很大的幫助，為何不用呢？哈哈

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4樓2011-06-04 11:08:36

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