 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3126 | 回復(fù): 10 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
笑問天木蟲 (著名寫手)
|
[求助]
NPT系綜的平衡問題
|
||
|
最近投了篇稿子，討論的是溶劑與晶面相互作用對晶體形貌的影響，建立了一個(gè)溶劑與晶面相互作用的模型進(jìn)行分子動力學(xué)計(jì)算，采用NPT系綜。審稿人提出如下的意見，認(rèn)為計(jì)算沒有達(dá)到平衡，但具體的我看得不太明白，是要延長計(jì)算的時(shí)間尺度嗎？如何判斷體系已經(jīng)達(dá)到平衡了？我不是專業(yè)做模擬計(jì)算的，這些東西都是我自學(xué)的，老板對這方面也不了解，還請各位高人不吝賜教啊。 Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment. I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated. |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 MD分子動力學(xué) |
» 猜你喜歡
085601 329分調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
本2一志愿C9-333分，材料科學(xué)與工程，求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿大連理工大學(xué)材料求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
311求調(diào)劑一志愿合肥工業(yè)大學(xué)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿食品科學(xué)與工程083200求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Lammps計(jì)算油水界面，油相密度、平衡等問題求指導(dǎo)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 關(guān)于npt系綜設(shè)定？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs中加入離子的個(gè)數(shù)計(jì)算問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- lammps中的npt系綜下逐步降溫問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 問一個(gè)關(guān)于聚合物體系平衡的問題
已經(jīng)有25人回復(fù)
- MS模擬 周期性條件 沒有看到分子進(jìn)入模擬盒
已經(jīng)有5人回復(fù)
- NPT系綜下判斷是否平衡的標(biāo)志
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 擴(kuò)散系數(shù)的計(jì)算及體系平衡的判斷
已經(jīng)有4人回復(fù)
- LAMMPS溫度控制----如何達(dá)到平衡態(tài)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- MS 系綜平均 分子動力學(xué)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 如何計(jì)算溶劑盒子密度
已經(jīng)有15人回復(fù)
- NPT系綜動力學(xué)
已經(jīng)有19人回復(fù)
- gromacs 模擬NPT系宗出問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 徑向分布函數(shù)的問題
已經(jīng)有13人回復(fù)
- OpenGL超級寶典第5版中例子的問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 單質(zhì)硫被二硫化碳溶解的原理？
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 第一原理動力學(xué)的系綜選擇，和各種系綜的輸入文件Example
已經(jīng)有13人回復(fù)
- Gibbs系綜和NPT系綜的區(qū)別
已經(jīng)有4人回復(fù)
- nvt系綜，系統(tǒng)總能量震蕩厲害
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【討論】系綜問題
已經(jīng)有32人回復(fù)
- 【討論】關(guān)于md中系統(tǒng)穩(wěn)定的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】HPLC-RID二極管未平衡，為什么
已經(jīng)有6人回復(fù)
笑問天
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 3684.5
- 散金: 336
- 紅花: 10
- 帖子: 1346
- 在線: 217.9小時(shí)
- 蟲號: 170374
- 注冊: 2006-01-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子組裝與超分子結(jié)構(gòu)
7樓2011-06-30 19:53:22
笑問天
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 3684.5
- 散金: 336
- 紅花: 10
- 帖子: 1346
- 在線: 217.9小時(shí)
- 蟲號: 170374
- 注冊: 2006-01-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子組裝與超分子結(jié)構(gòu)
2樓2011-06-27 12:12:50
rzhheart
至尊木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 38 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.423
- 金幣: 13337.8
- 散金: 6451
- 紅花: 52
- 帖子: 1887
- 在線: 3686.6小時(shí)
- 蟲號: 934991
- 注冊: 2009-12-29
- 性別: MM
- 專業(yè): 智能材料
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-30 19:32:33
笑問天(金幣+50): 2011-06-30 19:48:09
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-30 19:32:33
笑問天(金幣+50): 2011-06-30 19:48:09
|
I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated。 這個(gè)是說你弛豫時(shí)間不夠~ 貌似help里面說的是先10ps(NPT)之后再100ps(NVT)，這應(yīng)該算是最短的弛豫時(shí)間了。。。 既然是發(fā)文章，就不能少于這個(gè)時(shí)間吧！ |
4樓2011-06-30 09:07:15
笑問天
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 3684.5
- 散金: 336
- 紅花: 10
- 帖子: 1346
- 在線: 217.9小時(shí)
- 蟲號: 170374
- 注冊: 2006-01-17
- 性別: GG
- 專業(yè): 高分子組裝與超分子結(jié)構(gòu)
5樓2011-06-30 10:13:50
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿085600中科院寧波所276分求調(diào)劑 +4 | 材料學(xué)257求調(diào)劑 2026-03-28 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑，總分281 +4 | 橙子（勝意） 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
[考研] 22408 359分調(diào)劑 +4 | Qshers 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑! +7 | 真名有冰 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +8 | Y-cap 2026-03-29 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué) 296 求調(diào)劑 +5 | 朵朵- 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 309求調(diào)劑 +15 | 誰不是少年 2026-03-29 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 材料化工340求調(diào)劑 +3 | jhx777 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) +14 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 14/700 |
|
|
|
[基金申請] 面上5B能上會嗎？ +7 | redcom 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703本科鄭州大學(xué)求調(diào)劑 +7 | nhj_ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑310 +12 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +13 | zhn03 2026-03-25 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +7 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 崔wj 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑 +9 | 一定上岸aaa 2026-03-27 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑，一志愿南農(nóng)083200食品科學(xué)與工程 +5 | XQTJZ 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大071010，316分求調(diào)劑 +3 | xgbiknn 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 李李不服輸 2026-03-25 | 3/150 |
|