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笑問天木蟲 (著名寫手)
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[求助]
NPT系綜的平衡問題
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最近投了篇稿子，討論的是溶劑與晶面相互作用對晶體形貌的影響，建立了一個溶劑與晶面相互作用的模型進行分子動力學(xué)計算，采用NPT系綜。審稿人提出如下的意見，認為計算沒有達到平衡，但具體的我看得不太明白，是要延長計算的時間尺度嗎？如何判斷體系已經(jīng)達到平衡了？我不是專業(yè)做模擬計算的，這些東西都是我自學(xué)的，老板對這方面也不了解，還請各位高人不吝賜教啊。 Indeed, NPT molecular dynamics at atmospheric pressure and at room temperature is required in order of relax all the tensions and compressions within the simulated cell. Generally, when NPT molecular dynamics is performed on a crystal structure whose coordinates are taken from X-Ray diffraction experiments, the density decreases by 5 to 15 %, thus the simulated cube expands. To me this is extremely important as all the estimated quantities that derive from the model are dependant on such initial treatment. I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated. |
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 MD分子動力學(xué) |
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rzhheart
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9樓2011-07-01 10:13:57
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2樓2011-06-27 12:12:50
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-30 19:32:33
笑問天(金幣+50): 2011-06-30 19:48:09
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-06-30 19:32:33
笑問天(金幣+50): 2011-06-30 19:48:09
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I don't think that 5ps at 500K followed by 50 ps at 298K is enough to obtain a system properly equilibrated。 這個是說你弛豫時間不夠~ 貌似help里面說的是先10ps(NPT)之后再100ps(NVT)，這應(yīng)該算是最短的弛豫時間了。。。 既然是發(fā)文章，就不能少于這個時間吧！ |
4樓2011-06-30 09:07:15
笑問天
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5樓2011-06-30 10:13:50
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