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[交流]
是密碼子使用偏性相關的問題，對這方面了解多的蟲蟲進來幫幫我啊
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認真回帖的蟲子，就有機會每個問題拿到10BB。 1.有人說豬的血紅素基因的RSCU值為2，這種說法正確嗎？RSCU的最大值是什么？ 2.有人說豬的血紅素基因中的密碼子GGA的CAI值是0.75，這種說法正確嗎？ CAI的最大值是什么？ 第一，二題已有好的答案 3.如何進行手動識別DAMBE未能識別的tRNA序列中的反密碼子？ 4. 我們可以使用什么信息推論出 tRNA 的反密碼子？ 5. CAI是用來測量蛋白質－密碼子基因的翻譯率嗎？亮氨酸密碼子CUG是第一個具有簡并現(xiàn)象的密碼子嗎？ 6. 為什么在富含GC的區(qū)域賴氨酸密碼子的使用往往相對低于富含AT的區(qū)域呢？ 7．為什么蛋白質的編碼基因轉換率比顛換率大呢？ [ Last edited by 涌動的泉 on 2011-7-7 at 08:48 ] |
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2樓2011-07-06 18:43:58
3樓2011-07-06 19:08:21
4樓2011-07-06 19:10:08
★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
涌動的泉(金幣+20): 回答的很好，O(∩_∩)O謝謝幫我把第一、二題解決了 2011-07-06 20:31:49
西瓜(金幣+3, EPI+1): Good！ 2011-07-06 21:12:55
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
涌動的泉(金幣+20): 回答的很好，O(∩_∩)O謝謝幫我把第一、二題解決了 2011-07-06 20:31:49
西瓜(金幣+3, EPI+1): Good！ 2011-07-06 21:12:55
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我來試試前兩個~ 1，RSCU值是某一特定的密碼子在編碼對應氨基酸的同義密碼子間的相對概率，指的是密碼子，不是基因，所以這句話是錯的。按照血紅素密碼子不存在兼并性的假設，該值最大應該是6。. 2，同1，該指數(shù)以一組具高表達水平的基因為參考，測量某一個基因的密碼子偏好情況和這些高表達基因密碼子偏好情況的接近程度，如果一個基因完全使用高表達基因中所用的密碼子，則其CAI值為1。該指數(shù)所指為基因，非密碼子，所以這句話也是錯誤的。CAI最大應該為1。. l在此占位，歡迎指正~ |
5樓2011-07-06 20:25:13
★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+2): 熱心鼓勵 2011-07-07 07:43:06
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+2): 熱心鼓勵 2011-07-07 07:43:06
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密碼子使用相對概率(RSCU)是一個同義密碼子在一段基因序列中的實際出現(xiàn)頻率與其隨機出現(xiàn)時理論頻率的比值, 其計算公式為: RSCU(ij)=x(ij)/〔x(i)/n〕 其中, RSCU(ij)是指第i個氨基酸第j個同義密碼子的密碼子使用相對概率, x(ij)是指第i個氨基酸第j個同義密碼子在一個基因中的出現(xiàn)次數(shù), x(i)是指第i個氨基酸在這個基因中的出現(xiàn)次數(shù),這個數(shù)字是該氨基酸對應所有同義密碼子的出現(xiàn)次數(shù)之和； n是指該氨基酸對應的同義密碼子種數(shù)。 一個基因中只有一個該氨基酸，如絲氨酸、精氨酸、亮氨酸，那么該值為： RSCU=1/(1/6)=6，為最大值，不管是那個密碼子，他的RSCU值都是6。如果條件變化，出現(xiàn)2個該氨基酸，那么，編碼該氨基酸的密碼子假設不同， RSCU1=RSCU2=1/(2/6)=3，這樣就小了。 不知道算的對不對，望各位大神們賜教~ |
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6樓2011-07-06 21:33:09
涌動的泉(金幣+1): 順便幫忙解決的話就更好了，O(∩_∩)O哈哈~，謝謝 2011-07-06 21:59:35
涌動的泉(金幣+2): 今天順利晉級金蟲，慶祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:27:30
涌動的泉(金幣+2): 今天順利晉級金蟲，慶祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:27:30
| 真心祝福------- |
7樓2011-07-06 21:52:59
天使托
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8樓2011-07-06 22:56:48
★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+3): good 2011-07-07 07:43:30
涌動的泉(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝提點 2011-07-07 08:12:51
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
dhd997(金幣+3): good 2011-07-07 07:43:30
涌動的泉(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝提點 2011-07-07 08:12:51
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很有意思的題目哦,特別看到樓主的專業(yè)是水產專業(yè),難道是中科系統(tǒng)的?我嘗試發(fā)表一下我的看法： 4. 我們可以使用什么信息推論出 tRNA 的反密碼子？ 這個主要是 基于CRICK提出的變偶性， tRNA 上的反密碼子與 tRNA 密碼子反向配對時，密碼子第一位、第二位堿基配對是嚴格的，第三位堿基可以有一定的變動，但是需要注意的是，在反義密碼子里，經常在第一位出現(xiàn)次黃嘌呤（I），而他可以與U、A、C三者任一之間形成堿基配對；另外在特殊情況下，反密碼子第一位堿基也可以與密碼子第三位上任意四種堿基配對的，所以比較復雜。 為什么在富含GC的區(qū)域賴氨酸的使用往往相對低于富含AT的區(qū)域呢？ ++++++++++++++++這個吧，賴氨酸的密碼子是AAA，AAAG，~~~~~~當然啦，AT RICH 的區(qū)域很多是轉錄調控區(qū)，和賴氨酸的極性也有點關系（這點和大家商榷） |
9樓2011-07-06 23:38:13
10樓2011-07-07 18:26:13
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
涌動的泉(金幣+14): O(∩_∩)O謝謝，很有可能是我翻譯出錯，不是翻譯率，是基因的表達水平 2011-07-09 21:17:27
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 漏網的EPI被偶逮到了 2011-07-27 09:53:53
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
涌動的泉(金幣+14): O(∩_∩)O謝謝，很有可能是我翻譯出錯，不是翻譯率，是基因的表達水平 2011-07-09 21:17:27
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 漏網的EPI被偶逮到了 2011-07-27 09:53:53
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先回答第5題 密碼子適應指數(shù)(Codon adaption index。CAI)該指數(shù)以一組具高表達水平的基因為參考，測量某一個基因的密碼子偏好情況和這些高表達基因密碼子偏好情況的接近程度，如果一個基因完全使用高表達基因中所用的密碼子，則其CAI值為1。目前這個指數(shù)已被廣泛用來預測基因的表達水平。 所以，不是翻譯率。翻譯率的提法第一次見，。。。lz怎么定義的這個翻譯率？ 亮氨酸、第一個兼并現(xiàn)象密碼子、、樓主的這種提法。。。。 1961年夏天，Nirenberg領導的生化小組合成了堿基尿嘧啶，然后用３個尿嘧啶合成了苯丙氨酸分子，從而確定了Crick所排遺傳密碼表的第一個密碼子的意義：三個尿嘧啶是一個苯丙氨酸的密碼子，直到1967年，全套密碼子解析完畢。 3聯(lián)體密碼64種組合，編碼20種氨基酸，大多數(shù)氨基酸都有密碼子簡并現(xiàn)象。 亮氨酸具有6個簡并密碼子UUA UUG CUU CUC CUA CUG ，是具有簡并密碼子最多的之一。是不是第一個發(fā)現(xiàn)的具有簡并現(xiàn)象的密碼子，這個考證不出來。。。估計得找到1967年左右的Nirenberg的文章才好。不過找到了估計也很難排序，他文章應該介紹方法，然后列表表示各種簡并密碼子，沒有順序。。 以下純屬YY 不過可以從實驗推斷一下，第一個苯丙氨酸是UUU，下面變的話，理論推斷，應該是UUA，UUC，UUG，而亮氨酸簡并密碼子里有UUA,UUG，從這個角度說，我倒是很相信亮氨酸是第一個被發(fā)現(xiàn)具有簡并密碼子的氨基酸。 [ Last edited by cdl007 on 2011-7-7 at 22:23 ] |
11樓2011-07-07 22:11:20
13樓2011-07-17 19:26:16
14樓2011-07-27 09:52:49
15樓2011-08-02 21:08:22
16樓2011-08-02 21:18:43
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18樓2011-08-03 09:09:29
19樓2012-09-20 16:55:51
20樓2016-01-08 21:28:36
21樓2016-05-02 22:59:11
簡單回復
wenfuz12樓
2011-07-17 19:21
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