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涌動(dòng)的泉銅蟲(chóng) (知名作家)
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[交流]
是密碼子使用偏性相關(guān)的問(wèn)題，對(duì)這方面了解多的蟲(chóng)蟲(chóng)進(jìn)來(lái)幫幫我啊
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認(rèn)真回帖的蟲(chóng)子，就有機(jī)會(huì)每個(gè)問(wèn)題拿到10BB。 1.有人說(shuō)豬的血紅素基因的RSCU值為2，這種說(shuō)法正確嗎？RSCU的最大值是什么？ 2.有人說(shuō)豬的血紅素基因中的密碼子GGA的CAI值是0.75，這種說(shuō)法正確嗎？ CAI的最大值是什么？ 第一，二題已有好的答案 3.如何進(jìn)行手動(dòng)識(shí)別DAMBE未能識(shí)別的tRNA序列中的反密碼子？ 4. 我們可以使用什么信息推論出 tRNA 的反密碼子？ 5. CAI是用來(lái)測(cè)量蛋白質(zhì)－密碼子基因的翻譯率嗎？亮氨酸密碼子CUG是第一個(gè)具有簡(jiǎn)并現(xiàn)象的密碼子嗎？ 6. 為什么在富含GC的區(qū)域賴(lài)氨酸密碼子的使用往往相對(duì)低于富含AT的區(qū)域呢？ 7．為什么蛋白質(zhì)的編碼基因轉(zhuǎn)換率比顛換率大呢？ [ Last edited by 涌動(dòng)的泉 on 2011-7-7 at 08:48 ] |
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2樓2011-07-06 18:43:58
3樓2011-07-06 19:08:21
西瓜
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 本帖通知查看人員 cdl007, 天使托, 西瓜, lxj341401, 冼亮淀粉酶 很少見(jiàn)到有蟲(chóng)子用這個(gè)功能啊，呵呵（版務(wù)倒是經(jīng)常用） 不好意思，辜負(fù)你了，權(quán)當(dāng)頂貼  |
4樓2011-07-06 19:10:08
gwbk
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西瓜(金幣+3, EPI+1): Good！ 2011-07-06 21:12:55
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涌動(dòng)的泉(金幣+20): 回答的很好，O(∩_∩)O謝謝幫我把第一、二題解決了 2011-07-06 20:31:49
西瓜(金幣+3, EPI+1): Good！ 2011-07-06 21:12:55
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我來(lái)試試前兩個(gè)~ 1，RSCU值是某一特定的密碼子在編碼對(duì)應(yīng)氨基酸的同義密碼子間的相對(duì)概率，指的是密碼子，不是基因，所以這句話是錯(cuò)的。按照血紅素密碼子不存在兼并性的假設(shè)，該值最大應(yīng)該是6。. 2，同1，該指數(shù)以一組具高表達(dá)水平的基因?yàn)閰⒖迹瑴y(cè)量某一個(gè)基因的密碼子偏好情況和這些高表達(dá)基因密碼子偏好情況的接近程度，如果一個(gè)基因完全使用高表達(dá)基因中所用的密碼子，則其CAI值為1。該指數(shù)所指為基因，非密碼子，所以這句話也是錯(cuò)誤的。CAI最大應(yīng)該為1。. l在此占位，歡迎指正~ |
5樓2011-07-06 20:25:13
gwbk
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dhd997(金幣+2): 熱心鼓勵(lì) 2011-07-07 07:43:06
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dhd997(金幣+2): 熱心鼓勵(lì) 2011-07-07 07:43:06
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密碼子使用相對(duì)概率(RSCU)是一個(gè)同義密碼子在一段基因序列中的實(shí)際出現(xiàn)頻率與其隨機(jī)出現(xiàn)時(shí)理論頻率的比值, 其計(jì)算公式為: RSCU(ij)=x(ij)/〔x(i)/n〕 其中, RSCU(ij)是指第i個(gè)氨基酸第j個(gè)同義密碼子的密碼子使用相對(duì)概率, x(ij)是指第i個(gè)氨基酸第j個(gè)同義密碼子在一個(gè)基因中的出現(xiàn)次數(shù), x(i)是指第i個(gè)氨基酸在這個(gè)基因中的出現(xiàn)次數(shù),這個(gè)數(shù)字是該氨基酸對(duì)應(yīng)所有同義密碼子的出現(xiàn)次數(shù)之和； n是指該氨基酸對(duì)應(yīng)的同義密碼子種數(shù)。 一個(gè)基因中只有一個(gè)該氨基酸，如絲氨酸、精氨酸、亮氨酸，那么該值為： RSCU=1/(1/6)=6，為最大值，不管是那個(gè)密碼子，他的RSCU值都是6。如果條件變化，出現(xiàn)2個(gè)該氨基酸，那么，編碼該氨基酸的密碼子假設(shè)不同， RSCU1=RSCU2=1/(2/6)=3，這樣就小了。 不知道算的對(duì)不對(duì)，望各位大神們賜教~ |
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6樓2011-07-06 21:33:09
tangbohejin
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涌動(dòng)的泉(金幣+1): 順便幫忙解決的話就更好了，O(∩_∩)O哈哈~，謝謝 2011-07-06 21:59:35
涌動(dòng)的泉(金幣+2): 今天順利晉級(jí)金蟲(chóng)，慶祝一下把剩下的BB都散了，O(∩_∩)O~ 2011-07-27 07:27:30
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7樓2011-07-06 21:52:59
天使托
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涌動(dòng)的泉(金幣+1): O(∩_∩)O~ 2011-07-06 23:22:25
涌動(dòng)的泉(金幣+1): 解釋也好啊，我就是不懂才拿出來(lái)跟大家探討的 2011-07-06 23:24:35
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樓主童鞋，本人一個(gè)都不會(huì)，有些可以解釋?zhuān)桥抡`人子弟還是算了。。。有請(qǐng)高手。。。。 學(xué)藝不精，勿怪�。。�！1 |
8樓2011-07-06 22:56:48
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dhd997(金幣+3): good 2011-07-07 07:43:30
涌動(dòng)的泉(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝提點(diǎn) 2011-07-07 08:12:51
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dhd997(金幣+3): good 2011-07-07 07:43:30
涌動(dòng)的泉(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝提點(diǎn) 2011-07-07 08:12:51
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很有意思的題目哦,特別看到樓主的專(zhuān)業(yè)是水產(chǎn)專(zhuān)業(yè),難道是中科系統(tǒng)的?我嘗試發(fā)表一下我的看法： 4. 我們可以使用什么信息推論出 tRNA 的反密碼子？ 這個(gè)主要是 基于CRICK提出的變偶性， tRNA 上的反密碼子與 tRNA 密碼子反向配對(duì)時(shí)，密碼子第一位、第二位堿基配對(duì)是嚴(yán)格的，第三位堿基可以有一定的變動(dòng)，但是需要注意的是，在反義密碼子里，經(jīng)常在第一位出現(xiàn)次黃嘌呤（I），而他可以與U、A、C三者任一之間形成堿基配對(duì)；另外在特殊情況下，反密碼子第一位堿基也可以與密碼子第三位上任意四種堿基配對(duì)的，所以比較復(fù)雜。 為什么在富含GC的區(qū)域賴(lài)氨酸的使用往往相對(duì)低于富含AT的區(qū)域呢？ ++++++++++++++++這個(gè)吧，賴(lài)氨酸的密碼子是AAA，AAAG，~~~~~~當(dāng)然啦，AT RICH 的區(qū)域很多是轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)，和賴(lài)氨酸的極性也有點(diǎn)關(guān)系（這點(diǎn)和大家商榷） |
9樓2011-07-06 23:38:13
cdl007
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10樓2011-07-07 18:26:13
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涌動(dòng)的泉(金幣+14): O(∩_∩)O謝謝，很有可能是我翻譯出錯(cuò)，不是翻譯率，是基因的表達(dá)水平 2011-07-09 21:17:27
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 漏網(wǎng)的EPI被偶逮到了 2011-07-27 09:53:53
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西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 漏網(wǎng)的EPI被偶逮到了 2011-07-27 09:53:53
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先回答第5題 密碼子適應(yīng)指數(shù)(Codon adaption index。CAI)該指數(shù)以一組具高表達(dá)水平的基因?yàn)閰⒖�，測(cè)量某一個(gè)基因的密碼子偏好情況和這些高表達(dá)基因密碼子偏好情況的接近程度，如果一個(gè)基因完全使用高表達(dá)基因中所用的密碼子，則其CAI值為1。目前這個(gè)指數(shù)已被廣泛用來(lái)預(yù)測(cè)基因的表達(dá)水平。 所以，不是翻譯率。翻譯率的提法第一次見(jiàn)，。。。lz怎么定義的這個(gè)翻譯率？ 亮氨酸、第一個(gè)兼并現(xiàn)象密碼子、、樓主的這種提法。。。。 1961年夏天，Nirenberg領(lǐng)導(dǎo)的生化小組合成了堿基尿嘧啶，然后用３個(gè)尿嘧啶合成了苯丙氨酸分子，從而確定了Crick所排遺傳密碼表的第一個(gè)密碼子的意義：三個(gè)尿嘧啶是一個(gè)苯丙氨酸的密碼子，直到1967年，全套密碼子解析完畢。 3聯(lián)體密碼64種組合，編碼20種氨基酸，大多數(shù)氨基酸都有密碼子簡(jiǎn)并現(xiàn)象。 亮氨酸具有6個(gè)簡(jiǎn)并密碼子UUA UUG CUU CUC CUA CUG ，是具有簡(jiǎn)并密碼子最多的之一。是不是第一個(gè)發(fā)現(xiàn)的具有簡(jiǎn)并現(xiàn)象的密碼子，這個(gè)考證不出來(lái)。。。估計(jì)得找到1967年左右的Nirenberg的文章才好。不過(guò)找到了估計(jì)也很難排序，他文章應(yīng)該介紹方法，然后列表表示各種簡(jiǎn)并密碼子，沒(méi)有順序。。 以下純屬YY 不過(guò)可以從實(shí)驗(yàn)推斷一下，第一個(gè)苯丙氨酸是UUU，下面變的話，理論推斷，應(yīng)該是UUA，UUC，UUG，而亮氨酸簡(jiǎn)并密碼子里有UUA,UUG，從這個(gè)角度說(shuō)，我倒是很相信亮氨酸是第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)具有簡(jiǎn)并密碼子的氨基酸。 [ Last edited by cdl007 on 2011-7-7 at 22:23 ] |
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
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5。CAI這東東是幾年前風(fēng)行的，有點(diǎn)像純數(shù)據(jù)分析，現(xiàn)在science和nature上很多論文都說(shuō)CAI與蛋白表達(dá)效率無(wú)關(guān)。我的實(shí)驗(yàn)也已經(jīng)證明無(wú)關(guān)，浪費(fèi)我1年時(shí)間！�。⊥耆駭�(shù)據(jù)上強(qiáng)扯關(guān)系！別的雜志有實(shí)驗(yàn)證明CAI有關(guān)，沒(méi)錯(cuò)，但是實(shí)驗(yàn)量太小，更像巧合。s和n上的論文實(shí)驗(yàn)量很大，好幾百個(gè)比較結(jié)果。-----有反對(duì)意見(jiàn)，請(qǐng)賜教。 [ Last edited by longage.gene on 2011-8-2 at 21:20 ] |
15樓2011-08-02 21:08:22
longage.gene
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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16樓2011-08-02 21:18:43
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雖然經(jīng)常優(yōu)化基因序列，考慮密碼子偏愛(ài)性，但都是軟件限定的，具體了解不深，你可以搜索下面的文章看看： Study on the Principles of Base Change in 4-fold Degenerate Sites of Protein Coding Genes Lu Baisong : Huang Peitang Molecular Genetics Gentre Acadmy of Military Medicine Sciences Beijing 100850 |
17樓2011-08-02 22:34:18
涌動(dòng)的泉
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18樓2011-08-03 09:09:29
19樓2012-09-20 16:55:51
zeroon
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20樓2016-01-08 21:28:36
21樓2016-05-02 22:59:11
簡(jiǎn)單回復(fù)
wenfuz12樓
2011-07-17 19:21
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學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
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