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hqc87鐵蟲 (小有名氣)
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某基因在某些大麥品系很難擴(kuò)出的原因
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設(shè)計(jì)了引物想擴(kuò)大麥的一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子基因，用的就是基因組DNA做模板來擴(kuò)增，模板質(zhì)量經(jīng)檢測沒有問題，濃度調(diào)整到200ng/ul左右用于擴(kuò)增的，此基因GC含量70%，加了DMSO還是輕易能擴(kuò)出，問題是我有八個(gè)大麥品種，為什么兩個(gè)品種條帶很弱很弱，其他六個(gè)很亮很亮，重復(fù)幾次還是這樣，考慮到引物區(qū)在這兩個(gè)品種中存在SNP的可能性，所以又設(shè)計(jì)了一對引物，結(jié)果擴(kuò)增結(jié)果還是那兩個(gè)品種很弱，有可能是這兩個(gè)品系中該基因拷貝少么？還有其他原因么？請各位看官、大蝦分析分析 [ Last edited by hqc87 on 2011-11-3 at 21:24 ] |
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2樓2011-11-16 08:47:12
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【答案】應(yīng)助回帖
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silicare(金幣+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:25:15
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既然是不同品種，那片段序列就可能不同啊。 第一點(diǎn)：有時(shí)候高GC含量區(qū)域并不是簡單的加DMSO就能解決的，DMSO的量也有講究的，而一些復(fù)雜二級結(jié)構(gòu)的區(qū)域也會造成擴(kuò)增效果不好，商品化的buffer比你自己加DMSO要好一些，也不貴，就幾十塊錢而已。TAKARA的GCbuffer就有兩種，可見這類buffer的最佳配方要根據(jù)情況而定呢。 第二點(diǎn)：既然是不同的品系，那么序列就會有差異，你確定你選擇的引物互補(bǔ)序列是絕對保守的嗎？？有沒有可能那兩個(gè)品系里引物互補(bǔ)序列發(fā)生變化導(dǎo)致不完美互補(bǔ)？？ |
4樓2011-11-17 08:58:07
hqc87
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