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hqc87鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
某基因在某些大麥品系很難擴出的原因
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設計了引物想擴大麥的一個轉(zhuǎn)錄因子基因，用的就是基因組DNA做模板來擴增，模板質(zhì)量經(jīng)檢測沒有問題，濃度調(diào)整到200ng/ul左右用于擴增的，此基因GC含量70%，加了DMSO還是輕易能擴出，問題是我有八個大麥品種，為什么兩個品種條帶很弱很弱，其他六個很亮很亮，重復幾次還是這樣，考慮到引物區(qū)在這兩個品種中存在SNP的可能性，所以又設計了一對引物，結(jié)果擴增結(jié)果還是那兩個品種很弱，有可能是這兩個品系中該基因拷貝少么？還有其他原因么？請各位看官、大蝦分析分析 [ Last edited by hqc87 on 2011-11-3 at 21:24 ] |
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 生物科學 |
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【答案】應助回帖
★ ★ ★
silicare(金幣+3, BioEPI+1): 2011-11-17 12:25:15
hqc87(金幣+4): 2011-11-18 05:14:11
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hqc87(金幣+4): 2011-11-18 05:14:11
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既然是不同品種，那片段序列就可能不同啊。 第一點：有時候高GC含量區(qū)域并不是簡單的加DMSO就能解決的，DMSO的量也有講究的，而一些復雜二級結(jié)構(gòu)的區(qū)域也會造成擴增效果不好，商品化的buffer比你自己加DMSO要好一些，也不貴，就幾十塊錢而已。TAKARA的GCbuffer就有兩種，可見這類buffer的最佳配方要根據(jù)情況而定呢。 第二點：既然是不同的品系，那么序列就會有差異，你確定你選擇的引物互補序列是絕對保守的嗎？？有沒有可能那兩個品系里引物互補序列發(fā)生變化導致不完美互補？？ |
4樓2011-11-17 08:58:07
terry130
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2樓2011-11-16 08:47:12
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3樓2011-11-16 23:09:54
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5樓2011-11-18 05:13:29
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