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cpuzzx銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
同源模建求助
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| 我現(xiàn)在構(gòu)建一個蛋白的模型，用DS數(shù)據(jù)庫中沒搜索到合適的模板，后采用threader的方法（在linux操作系統(tǒng)下）找到模板，想把threader中的alignment導(dǎo)到DS中protocol-protein modeling- build homology models版塊中進(jìn)行建模，不知道這樣做合不合適，怎樣把這個threader的比對文件導(dǎo)入DS中進(jìn)行建模，建模過程中需要注意哪些問題，還請各位蟲友幫忙 |
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景宿
銅蟲 (小有名氣)
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2樓2011-12-01 14:36:18
cpuzzx
銅蟲 (初入文壇)
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之前就用Blast搜索過模板,沒找到合適的模板,所以選擇threader的方法找模板，打算采用comparative modeling 的方法用modeller的方法構(gòu)建模型。DS中整合modeller板塊，所以想用DS構(gòu)建模型，我下載過模板的PDB文件，在DS中進(jìn)行序列比對，發(fā)現(xiàn)identity 和similarity 都很低，構(gòu)建的模型經(jīng)profile -3D 評價打分很低，我想把threader 中的比對文件導(dǎo)入DS 中進(jìn)行建模，不知道這個方法行不行，怎么做。不過還是感謝您 |
3樓2011-12-01 15:55:32
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