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cpuzzx銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
同源模建求助
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| 我現(xiàn)在構(gòu)建一個(gè)蛋白的模型，用DS數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)搜索到合適的模板，后采用threader的方法（在linux操作系統(tǒng)下）找到模板，想把threader中的alignment導(dǎo)到DS中protocol-protein modeling- build homology models版塊中進(jìn)行建模，不知道這樣做合不合適，怎樣把這個(gè)threader的比對(duì)文件導(dǎo)入DS中進(jìn)行建模，建模過(guò)程中需要注意哪些問(wèn)題，還請(qǐng)各位蟲友幫忙 |
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景宿
銅蟲 (小有名氣)
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2樓2011-12-01 14:36:18
cpuzzx
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之前就用Blast搜索過(guò)模板,沒(méi)找到合適的模板,所以選擇threader的方法找模板，打算采用comparative modeling 的方法用modeller的方法構(gòu)建模型。DS中整合modeller板塊，所以想用DS構(gòu)建模型，我下載過(guò)模板的PDB文件，在DS中進(jìn)行序列比對(duì)，發(fā)現(xiàn)identity 和similarity 都很低，構(gòu)建的模型經(jīng)profile -3D 評(píng)價(jià)打分很低，我想把threader 中的比對(duì)文件導(dǎo)入DS 中進(jìn)行建模，不知道這個(gè)方法行不行，怎么做。不過(guò)還是感謝您 |
3樓2011-12-01 15:55:32
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