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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 關于分子動力學模擬中的MSD問題
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liogerrow木蟲 (著名寫手)
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[求助]
關于分子動力學模擬中的MSD問題
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我使用MS的Forcite模塊對某環(huán)氧樹脂分子在某材料表面的動力學模擬，然后對樹脂分子進行分析，求其MSD對時間曲線。 按照之前所看資料文獻，MSD對時間曲線應該是一條直線，但我得出的曲線是一類似正弦余弦的波浪線。但據(jù)觀察，每天“上坡線”的斜率近似相等。 材料表面的模型我沒有采用周期性模型，只是建了一塊面積較大的平面模型，然后將其四周的原子固定，然后進行動力學模擬計算。 想請教分子模擬大牛，我這個結果是否正常？ 我能否認為這些斜率就是對應于正常MSD曲線的斜率，可以用它計算擴散率？ |
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liogerrow(金幣+10): ★★★很有幫助 多謝指點！ 2012-02-02 17:10:53
liogerrow(金幣+10): ★★★很有幫助 多謝指點！ 2012-02-02 17:10:53
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個人認為，造成這種現(xiàn)象的是兩個原因中的一個： （1）邊界條件的影響，因你的模擬不是周期性邊界，原子擴散時，到達邊界，又回來了，這樣造成擴散后，原子離出發(fā)點的距離周期性的變大或變小。如果要解決，我個人認為應做周期性邊界條件才合理。 （2）第二個原因可能是模擬的時間不夠。實際上要得到MSD~t個關系是直線，一般需很長時間，當然要看擴散系數(shù)的大小。如果是正常大小的擴散系數(shù)，如10^（-3）cm^2/s數(shù)量級，大概要模擬到微秒數(shù)量級。 從你的描述上看，我覺得第一種原因的可能性較大。如果是第一種原因，則可認為這些斜率就是對應于正常MSD曲線的斜率，可以用它計算擴散率。 |
2樓2012-02-02 10:02:28
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