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liogerrow

木蟲 (著名寫手)

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[求助] 關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)模擬中的MSD問(wèn)題

我使用MS的Forcite模塊對(duì)某環(huán)氧樹脂分子在某材料表面的動(dòng)力學(xué)模擬，然后對(duì)樹脂分子進(jìn)行分析，求其MSD對(duì)時(shí)間曲線。

按照之前所看資料文獻(xiàn)，MSD對(duì)時(shí)間曲線應(yīng)該是一條直線，但我得出的曲線是一類似正弦余弦的波浪線。但據(jù)觀察，每天“上坡線”的斜率近似相等。

材料表面的模型我沒(méi)有采用周期性模型，只是建了一塊面積較大的平面模型，然后將其四周的原子固定，然后進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算。

想請(qǐng)教分子模擬大牛，我這個(gè)結(jié)果是否正常？
我能否認(rèn)為這些斜率就是對(duì)應(yīng)于正常MSD曲線的斜率，可以用它計(jì)算擴(kuò)散率？

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1樓 2012-02-02 00:50:01

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wuliyangjianyu

木蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liogerrow(金幣+10): ★★★很有幫助多謝指點(diǎn)！ 2012-02-02 17:10:53

個(gè)人認(rèn)為，造成這種現(xiàn)象的是兩個(gè)原因中的一個(gè)：
（1）邊界條件的影響，因你的模擬不是周期性邊界，原子擴(kuò)散時(shí)，到達(dá)邊界，又回來(lái)了，這樣造成擴(kuò)散后，原子離出發(fā)點(diǎn)的距離周期性的變大或變小。如果要解決，我個(gè)人認(rèn)為應(yīng)做周期性邊界條件才合理。
（2）第二個(gè)原因可能是模擬的時(shí)間不夠。實(shí)際上要得到MSD~t個(gè)關(guān)系是直線，一般需很長(zhǎng)時(shí)間，當(dāng)然要看擴(kuò)散系數(shù)的大小。如果是正常大小的擴(kuò)散系數(shù)，如10^（-3）cm^2/s數(shù)量級(jí)，大概要模擬到微秒數(shù)量級(jí)。
從你的描述上看，我覺(jué)得第一種原因的可能性較大。如果是第一種原因，則可認(rèn)為這些斜率就是對(duì)應(yīng)于正常MSD曲線的斜率，可以用它計(jì)算擴(kuò)散率。

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