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格格Caroline新蟲 (初入文壇)
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蛋白質(zhì)很純，但不長晶體
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小妹剛剛學習蛋白質(zhì)結(jié)晶，有很多不會的地方。 我做的蛋白350個aa，很純了，點晶體就是不長，不是直接沉淀了就是透明的，預測了沒有什么信號肽之類的，求助�。。。。。。�！就是不長~！！��！我應該在哪些方面在進行改進呢！�。≈x謝謝謝！ |
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 蛋白質(zhì)實驗技術(shù) | 【分子生物】EPI帖 |
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格格Caroline: 回帖置頂 2012-02-15 20:26:04
西瓜(金幣+3): Good！ 2012-02-15 22:21:27
西瓜(金幣+3): Good！ 2012-02-15 22:21:27
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這個方面的問題，其實挺復雜的，你給出的哦信息也不夠明確。我覺得有幾件事情需要考慮。 1. 你的蛋白構(gòu)建是不是夠好，兩端的無規(guī)則序列是否刪除了？ 2. 就算兩端都刪除了，還是要做一系列的截斷構(gòu)建，用于探索可能的穩(wěn)定表達的結(jié)構(gòu)域。這些可以通過已有的晶體結(jié)構(gòu)、生物信息學相關(guān)的分析軟件來獲得信息。 3. 純化過程，也有一些問題要考慮，溫度、Ni-NTA，分子篩和離子柱。 希望有更詳細的信息。 |
3樓2012-02-15 17:16:51
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西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 辛苦~ 2012-02-15 22:22:07
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西瓜(金幣+5, MolEPI+1): 辛苦~ 2012-02-15 22:22:07
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1. 如果是個“乙烯形成酶”（乙烯合成酶？），那么這個信息挺好的。你可以用Pfam，SMART或者Uniprot確定這個酶的domain區(qū)，一般來說，C端或者N端還是會有一些無規(guī)則序列。可以適當?shù)慕財�，多嘗試幾種構(gòu)建。 2. 在PDB里面，找找同源的晶體結(jié)構(gòu)，其實Uniprot里面會提供。很多時候，SMART也會給出來，這里也可以獲得很多結(jié)構(gòu)信息或者序列信息。 3. 二級結(jié)構(gòu)的預測，一般來說，PSIPRED比較權(quán)威。比較好使。 4. 不管有沒有二硫鍵，只要有Cys的話，就要在純化的過程中，加入一些DTT，巰基乙醇或者TECP。 5. 如果是金屬輔酶的話，要看情況，在表達過程（可以和IPTG同時加）中或者裂解細胞過程中加入相應的鹽溶液。 6. 最關(guān)鍵的地方是：看文獻，看看以前的研究給出那些信息。 |
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格格Caroline6樓2012-02-15 20:44:13
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7樓2012-02-16 10:47:11
| 關(guān)于截斷，可以查一些文獻，比如下面地址給的這個：http://nar.oxfordjournals.org/co ... key=GQEeSFzsvhDbnDz，給出了一個網(wǎng)站， |
8樓2012-02-16 12:24:13
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10樓2012-02-17 13:30:20
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