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niuxiaoqi721銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
過(guò)渡態(tài)消除虛頻
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| 過(guò)渡態(tài)收索出來(lái)以后，發(fā)現(xiàn)有兩個(gè)虛頻。一個(gè)一千多，一個(gè)一百多，怎樣才能消除小的那個(gè)，看到有人用要消除的虛頻*0.1-0.3加到原來(lái)的坐標(biāo)上，可是不知道具體操作步驟，這里請(qǐng)高人指導(dǎo)，越詳細(xì)越好。萬(wàn)分感謝，還有就是本人使用的是Dmol |
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 過(guò)渡態(tài)計(jì)算 |
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gongxd325
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2樓2012-02-20 13:50:40
xiaoboy185
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3樓2012-02-20 19:13:18
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+2): 感謝交流，有幫助 2012-02-21 08:37:09
WDD880227(金幣+2): 感謝交流，有幫助 2012-02-21 08:37:09
| 你有用過(guò)TS optimization嗎？這個(gè)功能就是解決你這個(gè)問(wèn)題的，消除多余的虛頻模，原理和二樓說(shuō)的小工具差不多，只不過(guò)在MS里面自動(dòng)完成了。DMol3默認(rèn)情況下會(huì)自動(dòng)選擇頻率最低的模作為由反應(yīng)物指向產(chǎn)物的振動(dòng)模，保留下來(lái)，而將其他的虛頻模優(yōu)化掉，當(dāng)然，你也可以自己添加Key words：Opt_TS_Mode，選擇需要保留的模，也就是你認(rèn)為由反應(yīng)物指向產(chǎn)物的振動(dòng)模，這個(gè)�？梢圆皇穷l率最低的模，譬如你提到的頻率是負(fù)幾十個(gè)波數(shù)的模。 |
4樓2012-02-20 22:47:47
niuxiaoqi721
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5樓2012-02-21 08:58:46
【答案】應(yīng)助回帖
liliangfang(金幣+2): 多謝回帖交流 2012-02-21 11:07:04
| 差別大并不能說(shuō)明有問(wèn)題，關(guān)鍵是看優(yōu)化完了，是否滿足唯一虛頻，且其振動(dòng)由反應(yīng)物指向產(chǎn)物。我覺(jué)得你完全可以試試TS optimization，坦率地說(shuō)，消虛頻沒(méi)有什么特別好的方法，都是按照其振動(dòng)方式微調(diào)原子位置，TS optimization也基本就是這個(gè)原理，所以說(shuō)某種方法更準(zhǔn)確沒(méi)什么太多道理，而且，TS optimization還方便，過(guò)渡態(tài)的優(yōu)化還不比結(jié)構(gòu)優(yōu)化，后者是要把所有的虛頻模都消掉，而過(guò)渡態(tài)還得保留你需要的虛頻模，所以調(diào)整起來(lái)更麻煩。此外，過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)唯一嗎？算出來(lái)的唯一虛頻模的頻率是負(fù)1000波數(shù)，合理，如果稍微調(diào)整一下原子位置，變成負(fù)500波數(shù)也完全可能，按照我們目前判斷過(guò)渡態(tài)的依據(jù)，兩者都合理。 |
6樓2012-02-21 10:13:34
sch
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227(金幣+1): 感謝交流提示 2012-02-22 10:37:56
賀儀(金幣+1): 謝謝參與討論 2012-02-22 11:13:06
WDD880227(金幣+1): 感謝交流提示 2012-02-22 10:37:56
賀儀(金幣+1): 謝謝參與討論 2012-02-22 11:13:06
| 在你計(jì)算的Gaussian輸出文件里，找到虛頻為負(fù)的一百多下面的那套直角坐標(biāo)，x,y,z分別*0.1-0.3（或直接）分別對(duì)應(yīng)加到你原來(lái)輸入文件的直角坐標(biāo)上，產(chǎn)生一套新的坐標(biāo)，作為輸入文件即可。我試過(guò)，有時(shí)候管用，能消掉多余的那個(gè)虛頻。 |
7樓2012-02-22 10:34:40
niuxiaoqi721
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9樓2013-03-21 10:29:15
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多謝了！ 10樓2015-03-31 14:33:50
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