 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 2959 | 回復(fù): 10 | ||||
hlq3175木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
【求助】溶劑化效應(yīng)自由能的輸出問題
|
|
各位高手幫幫忙呀，我需要用g03算一下我的體系的溶劑化自由能 DeltaG (solv)，可是我按照常規(guī)的輸入#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) geom=modredundant scf=tight，它并沒有那一項結(jié)果輸出。根據(jù)小木蟲里面找的的帖子，我的輸入文件改成這樣的#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,externaliteration) geom=modredundant scf=tight，可是總是出錯類似QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE. t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,exte ' Last state="SCR2" TCursr=38161 LCursr= 35 Error termination via Lnk1e in /home/apps/g03/l1.exe at Mon Mar 12 15:39:46 2012. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.2 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 8 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 這些輸入文件里面的字母都是我一個一個敲進去的，沒有任何空格，可是一提交就出現(xiàn)莫名其妙的空格，不知道是什么情況？另外能不能解釋一下這兩個dovacuum,externaliteration的意思，尤其是第一個，我在03說明書里沒找到他們的解釋呀，請各位高手給我指點指點。感激不盡呀! |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 計算和軟件 |
» 猜你喜歡
26年材料/化學(xué)相關(guān)專業(yè)博士研究生招生 溫州大學(xué)化學(xué)與材料工程學(xué)院(26年秋季入學(xué))
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
溫州大學(xué)新能源材料微觀溯源課題組招收2026級博士研究生（材料、化學(xué)方向）
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有191人回復(fù)
-
材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
26申博
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
求助電催化劑制備，怎么在碳布表面生長PdCo合金
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
求助電催化劑制備，怎么在碳布表面生長PdCo合金
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
上海華東理工大學(xué)機械與動力工程學(xué)院先進材料與制造研究組招聘公告
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 高斯溶劑化能求助
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 自定義溶劑的溶劑化能量計算如何輸入
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 溶劑化能計算問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 溶劑化效應(yīng)出現(xiàn)gaussian 9999錯誤
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請教一下 關(guān)于表面應(yīng)力 和 比表面自由能的問題 ！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 用SMD算溶劑下單點能，自由能應(yīng)該用哪個
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 請教高斯09算溶劑效應(yīng)及能量校正問題，多送金幣+小紅花
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 求帶有溶劑化效應(yīng)計算的文章，不勝感激！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 量化中的溶劑效應(yīng)，什么情況加
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 為什么只有溴化氫有過氧化物效應(yīng)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 關(guān)于溶劑化效應(yīng)的計算
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 怎么讀取Siesta輸出的Hamiltonian and overlap矩陣(*.HSX文件)？
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 溶劑化效應(yīng)輸入
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 急需幫助�。。。【郾┧峒柞ト苡诒揭蚁﹩�？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 能夠溶于油的染料或者顏料，但不會給脲醛樹脂染色
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求助《鈦合金金相學(xué)》中發(fā)現(xiàn)的問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】溶劑化模型中關(guān)于溶劑的問題？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】DMOL 構(gòu)建簇模型如何添加點電荷來消除邊界效應(yīng)
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 【求助】為什么在構(gòu)象搜索等過程中總是尋求自由能最低？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】Comsol多相流模塊如何自定義自由能函數(shù)項？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】吉普斯自由能在哪能查到��？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】吉普斯自由能在哪能查到��？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】極化連續(xù)介質(zhì)模型（PCM）
已經(jīng)有12人回復(fù)
雨晨田木
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 1177.7
- 散金: 91
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 49.6小時
- 蟲號: 1012487
- 注冊: 2010-05-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990(金幣+2): 2012-03-14 11:04:18
hlq3175(金幣+1): ★有幫助, 謝謝您，不過我要的是溶劑化自由能，這樣子算出來還是沒有我要的自由能那一項。 2012-03-14 14:43:25
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990(金幣+2): 2012-03-14 11:04:18
hlq3175(金幣+1): ★有幫助, 謝謝您，不過我要的是溶劑化自由能，這樣子算出來還是沒有我要的自由能那一項。 2012-03-14 14:43:25
|
溶劑效應(yīng)這樣寫就行了 %chk=H2O-S.chk # opt rb3lyp/6-31+g(d,p) SCRF(CPCM,Read,Solvent=Acetonitrile) H2O Structure in Solution-Phase 0 1 H 0.00000000 0.77125000 -0.46932000 H 0.00000000 -0.77125000 -0.46932000 O 0.00000000 0.00000000 0.11733000 RADII=UAKS |
2樓2012-03-14 10:33:58
雨晨田木
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 1177.7
- 散金: 91
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 49.6小時
- 蟲號: 1012487
- 注冊: 2010-05-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2012-03-14 16:44:41
雨晨田木
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 1177.7
- 散金: 91
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 49.6小時
- 蟲號: 1012487
- 注冊: 2010-05-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
4樓2012-03-14 16:47:01
hlq3175
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 2378.8
- 散金: 107
- 紅花: 4
- 帖子: 444
- 在線: 301.2小時
- 蟲號: 870062
- 注冊: 2009-10-12
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
|
我是這樣理解的，但是我覺得用頻率分析做出來的那個自由能不能包括所有的自由能，我按您說的已經(jīng)試過了，輸出文件SCF Done: E(RB+HF-LYP) = -399.126337746 A.U. after 7 cycles Convg = 0.8999D-08 -V/T = 2.0039 S**2 = 0.0000 KE= 3.975926270936D+02 PE=-1.499897705926D+03 EE= 4.215325170137D+02 -------------------------------------------------------------------- Variational PCM results ======================= Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -399.114839 -------------------------------------------------------------------- (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -13.47 -------------------------------------------------------------------- Cavitation energy (kcal/mol) = 18.95 Dispersion energy (kcal/mol) = -12.91 Repulsion energy (kcal/mol) = 1.17 Total non electrostatic (kcal/mol) = 7.22 -------------------------------------------------------------------- Partition over spheres: Sphere on Atom Surface Charge GEl GCav GDR 1 N1 14.71 -0.106 -3.05 2.51 -1.52 2 C4 27.03 -0.023 -0.32 3.28 -2.30 3 C7 24.01 -0.039 -0.52 3.47 -2.07 4 O10 19.37 0.053 -6.10 2.53 -1.82 5 C12 12.00 -0.109 -0.90 1.91 -1.10 6 O13 18.00 0.100 -0.52 2.61 -1.56 7 O14 15.46 0.084 -0.48 2.65 -1.38 Added spheres: 24.76 0.019 -1.57 0.00 0.00 -------------------------------------------------------------------- After PCM corrections, the SCF energy is -399.126337746 a.u. -------------------------------------------------------------------- Leave Link 502 at Wed Mar 14 11:20:35 2012, MaxMem= 838860800 cpu: 80.8 (Enter /home/apps/g03/l701.exe)這里面哪個是我要的自由能呢？難道是Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -399.114839減去RHF嗎？我覺得這樣做出來結(jié)果是不對的。 |
5樓2012-03-14 20:24:02
雨晨田木
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 1177.7
- 散金: 91
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 49.6小時
- 蟲號: 1012487
- 注冊: 2010-05-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
6樓2012-03-15 09:29:41
hlq3175
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 2378.8
- 散金: 107
- 紅花: 4
- 帖子: 444
- 在線: 301.2小時
- 蟲號: 870062
- 注冊: 2009-10-12
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
7樓2012-03-16 10:49:08
zhangmt
至尊木蟲 (著名寫手)
我叫MT
- QC強帖: 5
- 應(yīng)助: 99 (初中生)
- 金幣: 6961.8
- 散金: 10406
- 紅花: 49
- 帖子: 1761
- 在線: 763.2小時
- 蟲號: 880392
- 注冊: 2009-10-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
8樓2012-03-16 11:14:28
boylc789
木蟲 (著名寫手)
獨孤
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3144.7
- 散金: 82
- 紅花: 5
- 帖子: 1775
- 在線: 539.1小時
- 蟲號: 579648
- 注冊: 2008-07-11
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
9樓2012-03-31 13:39:39
雨晨田木
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 17 (小學(xué)生)
- 金幣: 1177.7
- 散金: 91
- 紅花: 1
- 帖子: 219
- 在線: 49.6小時
- 蟲號: 1012487
- 注冊: 2010-05-06
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
|
對，但是有個符號寫錯了，Esolv應(yīng)該改成Esoln。就是說溶液下溶質(zhì)的總自由能= Esoln（溶液下溶質(zhì)的總能量）+Gnes（溶解增加的自由能）+deltaGcorr_gas（氣相下溶質(zhì)的熱自由能校正）。Esoln+Gnes的值在PCM計算后在log文件中作為Total free energy in solution: with all non electrostatic terms 項自動給出，而deltaGcorr_gas是在氣相下作freq計算后得到的值。注意，在這里溶液和氣相下溶質(zhì)的結(jié)構(gòu)需要分別在液相和氣相重作結(jié)構(gòu)優(yōu)化，很有可能是不一樣的。 |
10樓2012-03-31 15:42:11
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 hlq3175 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +8 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +9 | Ymlll 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +3 | lemonzzn 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩318求調(diào)劑 +5 | February_Feb 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +10 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +5 | Doleres 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑 +7 | 小材化本科 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 【同濟軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +10 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +8 | 一定有學(xué)上- 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +6 | Zz版 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中科大材料專碩319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | ?醬給調(diào)劑跪了 2026-03-13 | 3/150 |
|