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hlq3175木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
【求助】溶劑化效應(yīng)自由能的輸出問(wèn)題
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各位高手幫幫忙呀，我需要用g03算一下我的體系的溶劑化自由能 DeltaG (solv)，可是我按照常規(guī)的輸入#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) geom=modredundant scf=tight，它并沒(méi)有那一項(xiàng)結(jié)果輸出。根據(jù)小木蟲(chóng)里面找的的帖子，我的輸入文件改成這樣的#p ccsd(t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,externaliteration) geom=modredundant scf=tight，可是總是出錯(cuò)類(lèi)似QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE. t)/6-311++g(d,p) scrf=(pcm,dovacuum,exte ' Last state="SCR2" TCursr=38161 LCursr= 35 Error termination via Lnk1e in /home/apps/g03/l1.exe at Mon Mar 12 15:39:46 2012. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.2 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 8 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 這些輸入文件里面的字母都是我一個(gè)一個(gè)敲進(jìn)去的，沒(méi)有任何空格，可是一提交就出現(xiàn)莫名其妙的空格，不知道是什么情況？另外能不能解釋一下這兩個(gè)dovacuum,externaliteration的意思，尤其是第一個(gè)，我在03說(shuō)明書(shū)里沒(méi)找到他們的解釋呀，請(qǐng)各位高手給我指點(diǎn)指點(diǎn)。感激不盡呀! |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990(金幣+2): 2012-03-14 11:04:18
hlq3175(金幣+1): ★有幫助, 謝謝您，不過(guò)我要的是溶劑化自由能，這樣子算出來(lái)還是沒(méi)有我要的自由能那一項(xiàng)。 2012-03-14 14:43:25
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hlq3175(金幣+1): ★有幫助, 謝謝您，不過(guò)我要的是溶劑化自由能，這樣子算出來(lái)還是沒(méi)有我要的自由能那一項(xiàng)。 2012-03-14 14:43:25
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溶劑效應(yīng)這樣寫(xiě)就行了 %chk=H2O-S.chk # opt rb3lyp/6-31+g(d,p) SCRF(CPCM,Read,Solvent=Acetonitrile) H2O Structure in Solution-Phase 0 1 H 0.00000000 0.77125000 -0.46932000 H 0.00000000 -0.77125000 -0.46932000 O 0.00000000 0.00000000 0.11733000 RADII=UAKS |
2樓2012-03-14 10:33:58
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3樓2012-03-14 16:44:41
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我是這樣理解的，但是我覺(jué)得用頻率分析做出來(lái)的那個(gè)自由能不能包括所有的自由能，我按您說(shuō)的已經(jīng)試過(guò)了，輸出文件SCF Done: E(RB+HF-LYP) = -399.126337746 A.U. after 7 cycles Convg = 0.8999D-08 -V/T = 2.0039 S**2 = 0.0000 KE= 3.975926270936D+02 PE=-1.499897705926D+03 EE= 4.215325170137D+02 -------------------------------------------------------------------- Variational PCM results ======================= Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -399.114839 -------------------------------------------------------------------- (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -13.47 -------------------------------------------------------------------- Cavitation energy (kcal/mol) = 18.95 Dispersion energy (kcal/mol) = -12.91 Repulsion energy (kcal/mol) = 1.17 Total non electrostatic (kcal/mol) = 7.22 -------------------------------------------------------------------- Partition over spheres: Sphere on Atom Surface Charge GEl GCav GDR 1 N1 14.71 -0.106 -3.05 2.51 -1.52 2 C4 27.03 -0.023 -0.32 3.28 -2.30 3 C7 24.01 -0.039 -0.52 3.47 -2.07 4 O10 19.37 0.053 -6.10 2.53 -1.82 5 C12 12.00 -0.109 -0.90 1.91 -1.10 6 O13 18.00 0.100 -0.52 2.61 -1.56 7 O14 15.46 0.084 -0.48 2.65 -1.38 Added spheres: 24.76 0.019 -1.57 0.00 0.00 -------------------------------------------------------------------- After PCM corrections, the SCF energy is -399.126337746 a.u. -------------------------------------------------------------------- Leave Link 502 at Wed Mar 14 11:20:35 2012, MaxMem= 838860800 cpu: 80.8 (Enter /home/apps/g03/l701.exe)這里面哪個(gè)是我要的自由能呢？難道是Total free energy in solution: with all non electrostatic terms (a.u.) = -399.114839減去RHF嗎？我覺(jué)得這樣做出來(lái)結(jié)果是不對(duì)的。 |
5樓2012-03-14 20:24:02
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對(duì)，但是有個(gè)符號(hào)寫(xiě)錯(cuò)了，Esolv應(yīng)該改成Esoln。就是說(shuō)溶液下溶質(zhì)的總自由能= Esoln（溶液下溶質(zhì)的總能量）+Gnes（溶解增加的自由能）+deltaGcorr_gas（氣相下溶質(zhì)的熱自由能校正）。Esoln+Gnes的值在PCM計(jì)算后在log文件中作為T(mén)otal free energy in solution: with all non electrostatic terms 項(xiàng)自動(dòng)給出，而deltaGcorr_gas是在氣相下作freq計(jì)算后得到的值。注意，在這里溶液和氣相下溶質(zhì)的結(jié)構(gòu)需要分別在液相和氣相重作結(jié)構(gòu)優(yōu)化，很有可能是不一樣的。 |
10樓2012-03-31 15:42:11
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